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- PDB-5gxb: crystal structure of a LacY/Nanobody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gxb
タイトルcrystal structure of a LacY/Nanobody complex
要素
  • Lactose permease
  • nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / lactose binding / carbohydrate transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily ...LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jiang, X. / Wu, J.P. / Yan, N. / Kaback, H.R.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1547801 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM120043 米国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2011CB910501 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31125009 and 91017011 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a LacY-nanobody complex in a periplasmic-open conformation.
著者: Jiang, X. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Wu, J. / Hirata, K. / Ke, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Yan, N. / Kaback, H.R.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年10月12日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactose permease
B: nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3082
ポリマ－63,3082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.543, 96.543, 145.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Lactose permease / Lactose-proton symport


分子量: 47618.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lacY, b0343, JW0334 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02920
#2: 抗体 nanobody


分子量: 15690.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 100mM MES pH 6.0, 100mM (NH4)2C4H4O6, 43% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.342 Å / Num. obs: 10364 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 29.2 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.485 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2405: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 3.3→48.342 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3465 513 4.95 %
Rwork0.3397 --
obs0.34 10364 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.342 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4121 0 0 0 4121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8445747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9971442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.6320.38521280.39512221X-RAY DIFFRACTION89
3.632-4.15730.36231190.36262483X-RAY DIFFRACTION98
4.1573-5.23680.34291190.332529X-RAY DIFFRACTION98
5.2368-48.34680.32881470.32012618X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0104 Å / Origin y: -19.8168 Å / Origin z: 36.5466 Å
111213212223313233
T0.6512 Å2-0.0091 Å20.0474 Å2-0.6581 Å2-0.0345 Å2--0.7028 Å2
L0.8694 °2-0.6179 °20.2841 °2-0.6132 °2-0.1749 °2--1.1048 °2
S-0.0247 Å °-0.0854 Å °-0.1407 Å °0.0341 Å °0.1813 Å °0.0485 Å °-0.1055 Å °-0.0494 Å °-0.1399 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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