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- PDB-2ooy: Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ooy
タイトルCrystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase complexed with ATP
要素
  • Hypothetical protein C1556.08c in chromosome I
  • SNF1-like protein kinase ssp2
  • SPCC1919.03c protein
キーワードTRANSFERASE / AMPK / kinase / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of flocculation / positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body ...positive regulation of flocculation / positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body / SREBP signaling pathway / regulation of carbon utilization / CAMKK-AMPK signaling cascade / nucleotide-activated protein kinase complex / protein kinase regulator activity / regulation of glycolytic process / AMP binding / protein kinase activator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / cellular response to glucose starvation / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / ADP binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #290 / Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / Kinase associated domain 1, KA1 / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...N-terminal domain of TfIIb - #290 / Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / Kinase associated domain 1, KA1 / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / CBS-domain / CBS-domain / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA-Binding Protein / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / N-terminal domain of TfIIb / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Single Sheet / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CITRATE ANION / SNF1-like protein kinase ssp2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Townley, R. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the adenylate sensor from fission yeast AMP-activated protein kinase.
著者: Townley, R. / Shapiro, L.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AUTHORS STATE THAT THE DEFINITIVE BIOLOGICAL UNIT IS A HETEROTRIMER (THERE ARE TWO SUCH TRIMERS: A+B+G AND C+D+E IN THE ASYMMETRIC UNIT), AND THAT THE DIMER OF THESE HETEROTRIMERS (SEE REMARK 350) IS ALSO PHYSIOLOGICALLY RELEVANT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SNF1-like protein kinase ssp2
B: SPCC1919.03c protein
G: Hypothetical protein C1556.08c in chromosome I
C: SNF1-like protein kinase ssp2
D: SPCC1919.03c protein
E: Hypothetical protein C1556.08c in chromosome I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4719
ポリマ－128,2686
非ポリマー1,2033
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22120 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area44980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.902, 77.666, 107.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDGE

#1: タンパク質 SNF1-like protein kinase ssp2


分子量: 15903.413 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain: Residues 440-576 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: ssp2, SPCC74.03c / プラスミド: pSMT3, pET-Duet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O74536, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 SPCC1919.03c protein


分子量: 10865.345 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain: Residues 203-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: SPCC1919.03c / プラスミド: pSMT3, pET-Duet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78789
#3: タンパク質 Hypothetical protein C1556.08c in chromosome I


分子量: 37364.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: SPAC1556.08c, SPAC1F12.01c / プラスミド: pSMT3, pET-Duet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10343

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非ポリマー , 3種, 431分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7.3-8.1% PEG3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, 5mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. all: 25963 / Num. obs: 24969 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.88→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OOX

2oox


解像度: 2.88→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 20.894 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29784 1265 5.1 %RANDOM
Rwork0.18902 ---
obs0.1946 23704 96.28 %-
all-24969 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20.36 Å2
2--1.21 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8507 0 75 428 9010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0228781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.371.9811942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.96351080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18124.016371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.74151501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4441549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3330.25839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.350.26089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3040.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3810.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.55552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90928804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31333638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8024.53136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.513 83 -
Rwork0.399 1499 -
obs--83.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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