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- PDB-2qqh: Structure of C8a-MACPF reveals mechanism of membrane attack in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qqh
タイトルStructure of C8a-MACPF reveals mechanism of membrane attack in complement immune defense
要素Complement component C8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN / MACPF / MEMBRANE PERFORATION / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Cytolysis / EGF-like domain / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Membrane attack complex / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation, alternative pathway / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation, alternative pathway / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain ...: / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Complement component C8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hadders, M.A. / Gros, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of C8alpha-MACPF reveals mechanism of membrane attack in complement immune defense.
著者: Hadders, M.A. / Beringer, D.X. / Gros, P.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence Residues 337 to 379 are identical to those of residues 367 to 409 in UniProt entry P07357, ...Sequence Residues 337 to 379 are identical to those of residues 367 to 409 in UniProt entry P07357, which are ITSRDITTCFGGSLGIQYEDKINVGGGLSGDHCKKFGGGKTER. However, only 12 residues were observed and the alignment between sequence and coordinates is unknown in this region. These 12 residues were originally modeled as ALA/GLY and have been changed to UNK during processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component C8 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8905
ポリマ－37,5431
非ポリマー3474
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.920, 178.920, 75.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 37543.215 Da / 分子数: 1 / 変異: C164S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8A / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: P07357
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M LiSO4, 5mM NiCl2, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日
放射モノクロメーター: Si 311 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 21349 / Num. obs: 21349 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2888 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, 多波長異常分散
解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 16.508 / SU ML: 0.198 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28725 1089 5.1 %RANDOM
Rwork0.25475 ---
all0.25644 20253 --
obs0.25644 20253 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 16 44 2462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0222461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.9633315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5015299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7824.202119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.81915423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.491514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21634
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.51548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16522388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62131060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4054.5927
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 151 -
Rwork0.328 1464 -
obs-2888 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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