PDB-2qor: Crystal structure of Plasmodium vivax guanylate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qor

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax guanylate kinase

要素

Guanylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / purine metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / PSI / Protein Structure Initiative / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate kinase / GMP kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Le Trong, I. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Plasmodium vivax guanylate kinase.
著者: Le Trong, I. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2007年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...

Remark 999

SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS ALSO AVAILABLE FROM PLASMODB UNDER THE ACCESION CODE PV099895.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qor.cif.gz	58.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qor.ent.gz	41.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ex6 1ex7 1gky 1lvg 1s4q 1s96 1z6g 1z8f 1znw 1znx 1zny 1znz 2an9 2anb 2anc 2f3r 2f3t 2j41
類似構造データ	5aoi-1 4hoj-d 6ez3-3 3oqi-1 4ueb-2 4agn-2 2j1w-2 1y5u-d 4agq-1 5lap-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pviv008894AAASGPP target construct

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanylate kinase

ヘテロ分子

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.535, 43.535, 342.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-264- HOH

#1: タンパク質	Guanylate kinase / GMP kinase / Guanosine monophosphate kinase 分子量: 23946.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: Pv099895, PVX_099895 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: A5K709, guanylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 ul Protein, 0.1 ul Crystallization buffer (65% PEG 400, 0.1M MOPS pH 7.5, 0.1M NaNO3, 5mM GMP), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97907, 0.97922, 0.91162

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97907	1
2	0.97922	1
3	0.91162	1

Refln sys abs

Index l	I	I/σ(I)	σ(I)
8	9.15	1.6	5.68
9	9.16	2.3	3.94
10	6.38	1.7	3.79
11	18.16	4.9	3.73
13	12.86	2.2	5.75
14	17.85	3.5	5.07
15	7	1.6	4.27
16	13.37	2.3	5.92
17	66.33	10.1	6.57
19	33.2	3.6	9.15
20	10.64	1.7	6.1
21	5.55	1.4	3.9
22	6.08	1.4	4.26
23	90.48	17.7	5.12
25	41.11	3.3	12.35
26	6.92	1.4	4.96
27	5.44	1.4	3.98
28	12.6	1.6	7.79
29	22.75	3	7.53
31	17.72	2.1	8.24
32	9.87	1.5	6.38
33	8.55	1.5	5.83
34	14.47	1.8	8.12
35	97.87	19.3	5.06
37	34.69	3.9	8.92
38	14.01	1.6	8.67
39	11.94	1.6	7.64
40	17.66	2	9
41	12.6	1.6	7.99
43	8.4	1.4	5.93
44	10.04	1.5	6.87
45	8.11	1.4	5.83
46	14.11	1.6	8.75
47	13.93	1.6	8.82
49	19.92	1.5	12.96
50	23	2	11.32
51	10.35	1.4	7.15
52	16.61	1.7	9.92
53	14.77	1.6	9.39
55	18.2	1.6	11.41
56	11.48	1.5	7.79
57	10.42	1.4	7.39
58	13.82	1.5	9.23
59	126.71	21.3	5.95
61	26.52	2	13.05
62	6.99	1.3	5.22
63	13.19	1.5	8.71
64	12.6	1.5	8.34
65	25.79	1.8	14.01
67	10.98	1.4	7.83
68	10.85	1.4	7.81
69	22.69	1.8	12.84
70	16.84	1.4	12.02
71	46.55	4.1	11.43
73	14.71	1.5	9.72
74	12.94	1.5	8.76
75	11.28	1.4	8.08
76	9.7	1.4	7.18
77	154.95	17.9	8.64
79	34.56	2.2	16.01
80	35.8	2.1	16.98
81	9.5	1.4	6.99
82	9.72	1.4	7.14
83	65.17	8	8.19
85	11.03	1.4	7.96
86	14.28	1.4	9.92
88	17.87	1.4	13.02
91	84.94	4.9	17.32
92	9.98	1.4	7.39
93	25.49	1.8	14.04
94	13.15	1.4	9.26
95	64.95	7.4	8.75
97	20.6	1.6	12.81
98	18.84	1.5	12.34
99	15.67	1.5	10.72
100	26.48	1.5	17.52
101	21.94	1.6	13.73
103	16.27	1.5	10.76
104	11.6	1.4	8.31
105	17.18	1.6	11.06
106	15	1.4	10.52
107	29.58	1.8	16.01
109	17.43	1.5	11.38
110	15.65	1.5	10.62
111	14.63	1.5	9.87
113	105.88	14.4	7.37
116	15.11	1.4	10.64
122	8.23	1.3	6.15
123	9.93	1.4	7.29
125	155.09	8	19.49
128	11.79	1.4	8.53
129	21.15	1.6	13.58
130	8.65	1.3	6.48
131	81.94	2.9	27.88
134	10.22	1.4	7.48
135	19.12	1.6	12.06
136	29.12	1.5	19.61
137	69.28	3.5	20.01
139	26.28	1.4	18.44
140	29.96	1.5	20.22
141	37.22	1.8	21.05
142	27.88	1.5	18.37
143	24.82	1.5	16.71
145	17.29	1.4	12.7
147	30.97	1.6	18.91
148	31.83	1.5	21.37
149	29.89	1.5	20.55
151	23.64	1.4	16.96
152	37.81	2	19.19
153	29.13	1.5	19.3
154	27.36	1.5	18.25
155	22.71	1.4	15.8
157	36.54	1.7	21.01
158	30.25	1.5	20.69
159	33.15	1.7	20
160	27.37	1.4	19.14
161	49.76	2.3	21.89
163	33.2	1.6	20.82
164	23.05	1.6	14.86
165	25.53	1.6	15.77
166	58.17	1.8	32.34
167	48.21	2.2	21.97
169	30.69	1.5	21.16
170	40.82	1.9	21.79
171	30.34	1.5	20.06
172	26.12	1.5	18.01
173	26.52	1.5	17.87
175	18.48	1.4	13.03
176	32.68	1.5	21.51
177	24.39	1.5	16.69
178	37.16	1.7	21.89
179	33.54	1.6	20.43
181	27.09	1.6	16.69
182	25.62	1.6	16.45
183	22.53	1.5	14.96
184	27.69	1.6	17.75
185	19.92	1.4	13.85
187	24.65	1.4	17.08
188	27.83	1.5	18.74
189	21.76	1.4	15.54
190	27.08	1.5	17.95

反射

解像度: 1.8→42.84 Å / Num. obs: 19333 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.40802 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.182 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	9.5	0.612	1806	0.56	1	98.2
1.86-1.94	12.7	0.489	1850	0.678	1	99.8
1.94-2.03	14.6	0.355	1869	0.884	1	100
2.03-2.13	16.2	0.267	1877	1.215	1	99.9
2.13-2.27	17.1	0.204	1910	1.36	1	99.9
2.27-2.44	17	0.162	1910	1.533	1	99.9
2.44-2.69	17.8	0.14	1920	1.373	1	99.9
2.69-3.08	20.5	0.124	1948	1.297	1	99.8
3.08-3.88	22.6	0.102	2008	1.183	1	100
3.88-50	22	0.075	2258	1.188	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
TRUNCATE	CCP4_5.99	データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→37.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.945 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / SU R_free: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	984	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.201	19191	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1595	0	33	64	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	2.011	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.847	3	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.854	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.375	24.024	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.563	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.554	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	884
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.335	2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.279	2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.652	3	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.707	4	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.865	6	662

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	66	-
R_work	0.208	1234	-
all	-	1300	-
obs	-	-	97.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3341	0.3536	-0.5204	1.4313	-0.5517	1.7606	-0.0796	-0.0963	-0.1232	-0.0054	0.0109	0.0134	0.1998	0.0052	0.0687	0.0448	0.0077	0.0197	0.111	0.0364	0.0725	13.9203	0.0457	184.7113
2	2.5196	1.0478	-1.1058	4.1045	-1.2485	3.0998	0.026	-0.4633	-0.2059	0.5763	-0.1945	-0.243	-0.0119	0.4398	0.1685	0.0435	0.0009	-0.0203	0.1757	0.0478	0.0228	16.4594	9.0172	192.9553
3	3.7308	1.0111	-0.3438	2.8418	-0.5516	1.8629	-0.0217	-0.0754	-0.1831	-0.0506	0.1046	0.1135	0.0616	-0.1491	-0.0829	0.0003	0.0308	0.0074	0.133	0.0543	0.112	-2.6408	11.9089	181.5688
4	2.9717	-0.2135	0.0487	1.5865	-0.1666	1.7564	-0.0236	-0.1632	0.1797	0.1123	-0.0551	0.027	-0.0372	0.0366	0.0787	0.0311	-0.0279	-0.0051	0.0969	0.0298	0.0815	18.2272	17.6136	181.017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 100	9 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	101 - 124	109 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	125 - 157	133 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	158 - 196	166 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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