PDB-1znw: Crystal Structure Of Unliganded Form Of Mycobacterium tuberculosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1znw

タイトル

Crystal Structure Of Unliganded Form Of Mycobacterium tuberculosis Guanylate Kinase

要素

Guanylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Guanylate kinase / GMP kinase / ATP:GMP-phosphotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate kinase / GMP kinase activity / AMP kinase activity / GMP binding / GDP binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hible, G. / Christova, P. / Renault, L. / Seclaman, E. / Thompson, A. / Girard, E. / Munier-Lehmann, H. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Unique GMP-binding site in Mycobacterium tuberculosis guanosine monophosphate kinase
著者: Hible, G. / Christova, P. / Renault, L. / Seclaman, E. / Thompson, A. / Girard, E. / Munier-Lehmann, H. / Cherfils, J.

履歴

登録	2005年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1znw.cif.gz	49.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1znw.ent.gz	35.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1znw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1znw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1znw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1znxC 1znyC 1znzC 1s4qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1znz-d 1zny-d 1s4q-d 1z8f-d 1znx-d 1gze-3 6wzo-2 5tkd-2 2c8g-3 4ipv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Guanylate kinase

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.040, 112.040, 112.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-250- HOH
2	1	A-271- HOH

詳細

The biological unit is monomeric

#1: タンパク質	Guanylate kinase / GMP kinase 分子量: 21991.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: gmk (RV1389) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A5I4, UniProt: P9WKE9*PLUS, guanylate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 15% (w/v) xylitol, 3.5M sodium chloride, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(311) monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→18.67 Å / Num. all: 13765 / Num. obs: 13765 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.8 % / B_iso Wilson estimate: 44.8 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 32.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.154 Å / 冗長度: 22 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 1028 / R_sym value: 0.451 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
CCP4	(MOLREP)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S4Q

1s4q

解像度: 2.1→18.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.658 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21976	693	5 %	RANDOM
R_work	0.19209	-	-	-
obs	0.19346	13049	99.71 %	-
all	-	13778	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.749 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1385	0	0	67	1452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.968	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.484	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.13	22.333	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.743	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.304	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.243	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.219	1.5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.352	2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.686	3	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.239	4.5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	52	-
R_work	0.217	940	-
obs	-	1028	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4001	-1.8434	-0.7217	3.0072	0.3269	3.9246	-0.1996	0.0801	-0.0146	0.1328	0.0676	0.0881	-0.2259	-0.0901	0.132	0.1102	-0.0391	-0.0038	0.0729	0.0144	0.1023	17.697	0.668	42.407
2	7.0094	1.261	0.5174	3.4157	-1.4458	3.2999	-0.0182	0.4998	-0.1212	-0.446	-0.1612	-0.1945	0.2792	0.0279	0.1794	0.1449	-0.0203	0.0274	0.1492	0.0233	0.0649	27.161	1.228	24.866
3	2.6765	0.8231	-0.0548	6.7356	-0.0831	3.4596	0.1271	0.0452	-0.1062	-0.1565	-0.0606	-0.1666	0.0295	0.2462	-0.0664	0.123	0.0945	-0.0108	0.103	0.0306	0.0495	15.668	22.892	40.962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	20 - 50	19 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	102 - 140	101 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	180 - 201	179 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	51 - 101	50 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	141 - 179	140 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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