PDB-2qom: The crystal structure of the E.coli EspP autotransporter Beta-domain.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qom

タイトル

The crystal structure of the E.coli EspP autotransporter Beta-domain.

要素

Serine protease espP

キーワード

HYDROLASE / outer membrane protein / beta-barrel / beta-domain / autotransporter / Protease / Secreted / Serine protease / Transmembrane / Virulence / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / MAD folllowed by Molecular Replacement / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Barnard, T.J. / Dautin, N. / Lukacik, P. / Bernstein, H.D. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Autotransporter structure reveals intra-barrel cleavage followed by conformational changes.
著者: Barnard, T.J. / Dautin, N. / Lukacik, P. / Bernstein, H.D. / Buchanan, S.K.

履歴

登録	2007年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2qom.ent.gz	86.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2qom_full_validation.pdf.gz	420.5 KB	表示
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CIF形式データ	2qom_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1yyp-d 6gkt-3 5xrl-1 4hda-2 2zgt-d 5v3z-1 5xrn-1 6l64-1 3fer-4 3brs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine protease espP

B: Serine protease espP

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease espP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine protease espP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.951, 53.298, 102.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	GLU	GLU	2	A	A	1024 - 1038	1 - 15
2	1	ASN	ASN	GLU	GLU	2	B	B	1024 - 1038	1 - 15
3	2	ALA	ALA	SER	SER	2	A	A	1039 - 1051	16 - 28
4	2	ALA	ALA	SER	SER	2	B	B	1039 - 1051	16 - 28
5	3	ALA	ALA	PHE	PHE	5	A	A	1052 - 1056	29 - 33
6	3	ALA	ALA	PHE	PHE	5	B	B	1052 - 1056	29 - 33
7	4	SER	SER	VAL	VAL	2	A	A	1057 - 1067	34 - 44
8	4	SER	SER	VAL	VAL	2	B	B	1057 - 1067	34 - 44
9	5	ASP	ASP	PHE	PHE	5	A	A	1068 - 1079	45 - 56
10	5	ASP	ASP	PHE	PHE	5	B	B	1068 - 1079	45 - 56
11	6	THR	THR	ALA	ALA	2	A	A	1080 - 1091	57 - 68
12	6	THR	THR	ALA	ALA	2	B	B	1080 - 1091	57 - 68
13	7	SER	SER	SER	SER	5	A	A	1092 - 1097	69 - 74
14	7	SER	SER	SER	SER	5	B	B	1092 - 1097	69 - 74
15	8	GLY	GLY	ALA	ALA	2	A	A	1098 - 1111	75 - 88
16	8	GLY	GLY	ALA	ALA	2	B	B	1098 - 1111	75 - 88
17	9	MET	MET	ALA	ALA	5	A	A	1112 - 1117	89 - 94
18	9	MET	MET	ALA	ALA	5	B	B	1112 - 1117	89 - 94
19	10	TYR	TYR	TYR	TYR	2	A	A	1118 - 1132	95 - 109
20	10	TYR	TYR	TYR	TYR	2	B	B	1118 - 1132	95 - 109
21	11	THR	THR	ARG	ARG	5	A	A	1133 - 1142	110 - 119
22	11	THR	THR	ARG	ARG	5	B	B	1133 - 1142	110 - 119
23	12	ASP	ASP	TYR	TYR	2	A	A	1143 - 1159	120 - 136
24	12	ASP	ASP	TYR	TYR	2	B	B	1143 - 1159	120 - 136
25	13	HIS	HIS	TRP	TRP	5	A	A	1160 - 1166	137 - 143
26	13	HIS	HIS	TRP	TRP	5	B	B	1160 - 1166	137 - 143
27	14	ILE	ILE	VAL	VAL	2	A	A	1167 - 1178	144 - 155
28	14	ILE	ILE	VAL	VAL	2	B	B	1167 - 1178	144 - 155
29	15	SER	SER	ASP	ASP	5	A	A	1179 - 1196	156 - 173
30	15	SER	SER	ASP	ASP	5	B	B	1179 - 1196	156 - 173
31	16	LYS	LYS	PHE	PHE	2	A	A	1197 - 1214	174 - 191
32	16	LYS	LYS	PHE	PHE	2	B	B	1197 - 1214	174 - 191
33	17	SER	SER	TRP	TRP	5	A	A	1215 - 1219	192 - 196
34	17	SER	SER	TRP	TRP	5	B	B	1215 - 1219	192 - 196
35	18	LYS	LYS	ALA	ALA	2	A	A	1220 - 1235	197 - 212
36	18	LYS	LYS	ALA	ALA	2	B	B	1220 - 1235	197 - 212
37	19	ASN	ASN	GLY	GLY	5	A	A	1236 - 1252	213 - 229
38	19	ASN	ASN	GLY	GLY	5	B	B	1236 - 1252	213 - 229
39	20	GLU	GLU	ARG	ARG	2	A	A	1253 - 1269	230 - 246
40	20	GLU	GLU	ARG	ARG	2	B	B	1253 - 1269	230 - 246
41	21	ASP	ASP	ARG	ARG	5	A	A	1270 - 1273	247 - 250
42	21	ASP	ASP	ARG	ARG	5	B	B	1270 - 1273	247 - 250
43	22	PHE	PHE	SER	SER	2	A	A	1274 - 1281	251 - 258
44	22	PHE	PHE	SER	SER	2	B	B	1274 - 1281	251 - 258
45	23	ALA	ALA	ASN	ASN	5	A	A	1282 - 1287	259 - 264
46	23	ALA	ALA	ASN	ASN	5	B	B	1282 - 1287	259 - 264
47	24	VAL	VAL	PHE	PHE	2	A	A	1288 - 1300	265 - 277
48	24	VAL	VAL	PHE	PHE	2	B	B	1288 - 1300	265 - 277

#1: タンパク質	Serine protease espP / Extracellular serine protease plasmid-encoded espP 分子量: 31336.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: espP / プラスミド: pTrc99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q7BSW5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine protease espP / Extracellular serine protease plasmid-encoded espP

分子量: 31336.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: espP / プラスミド: pTrc99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q7BSW5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.34M Cymal-1, 1% octylglucoside, 33% PEG 1000, 0.2M NaCl, 0.1M Na cacodylate pH 6.4, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	0.97180, 0.97925, 0.97947
シンクロトロン	APS	22-BM	2	0.97121

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2006年7月1日
MAR CCD 225 mm	2	CCD	2006年8月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 220 (ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR)	MAD	M	x-ray	1
2	Si 111 (Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9718	1
2	0.97925	1
3	0.97947	1
4	0.97121	1

反射

解像度: 2.66→50 Å / Num. all: 23299 / Num. obs: 23299 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度: 2.66→2.76 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: MAD folllowed by Molecular Replacement
開始モデル: from MAD

解像度: 2.66→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 36.499 / SU ML: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28424	1243	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25825	-	-	-
all	0.25959	23299	-	-
obs	0.25959	23299	95.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.44 Å²	0 Å²	1.8 Å²
2-	-	11.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4011	0	0	6	4017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.913	5562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3	6489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.632	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.128	23.249	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.287	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.722	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.292	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.32	10	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.798	10	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.441	11	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.546	12	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.321	13	1473

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1038	tight positional	0.04	0.05
1617	medium positional	0.35	0.5
503	loose positional	0.64	5
1038	tight thermal	0.13	0.5
1617	medium thermal	0.86	2
503	loose thermal	3.52	10

LS精密化シェル

解像度: 2.66→2.731 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	62	-
R_work	0.373	1222	-
obs	-	-	70.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0642	-0.5251	-1.5433	1.2507	0.6292	2.3853	0.0372	-0.6258	0.102	-0.0197	-0.1689	0.1099	-0.1916	-0.3031	0.1317	-0.0555	0.0671	-0.0053	-0.2281	0.0085	-0.0812	15.4853	7.0236	17.2828
2	5.039	-0.7921	-0.5736	2.3028	0.5267	1.8188	-0.0911	-1.1533	0.0489	0.0246	0.1576	-0.384	-0.2462	0.2504	-0.0665	-0.1389	-0.054	-0.0318	0.401	-0.0913	-0.193	50.9825	4.0055	28.5539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1024 - 1278	1 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1024 - 1278	1 - 255

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)