PDB-2qo1: 2.6 Angstrom Crystal Structure of the Complex Between 11-(decyldi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qo1

タイトル

2.6 Angstrom Crystal Structure of the Complex Between 11-(decyldithiocarbonyloxy)-undecanoic acid and Mycobacterium Tuberculosis FabH.

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

TRANSFERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYOBACTERIUM TUBERCULOSIS / STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SPECIFICITY / ENZYME INHIBITOR COMPLEX / MECHANISM BASED INHIBITOR / SUBSTRATE ENTRY AND EXIT / Acyltransferase / Lipid synthesis / Multifunctional enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Sachdeva, S. / Musayev, F. / Alhamadsheh, M. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Reynolds, K.A.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Separate Entrance and Exit Portals for Ligand Traffic in Mycobacterium tuberculosis FabH
著者: Sachdeva, S. / Musayev, F.N. / Alhamadsheh, M.M. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Reynolds, K.A.

履歴

登録	2007年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qo1.cif.gz	134.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qo1.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qnxC 2qnyC 2qnzC 2qo0C 1hzpS 1hnj 1hnk 1u6e 1u6s S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aj9-d 1u6e-d 1hzp-d 2qo0-d 2qny-d 2qnx-d 6m20-3 4939 6a1e-d 6o9n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.411, 89.123, 233.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl- [acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / MtFabH 分子量: 34903.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: fabH / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS 参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-VZZ / 11-[(MERCAPTOCARBONYL)OXY]UNDECANOIC ACID 分子量: 262.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂O₄S
#3: 化合物	ChemComp-D1T / DECANE-1-THIOL / 1-デカンチオ-ル分子量: 174.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M NA/K TARTATE, 100MM NA HEPES BUFFER, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX CONFOCAL OPTICS
放射	モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→39.73 Å / Num. all: 22465 / Num. obs: 20938 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.54 % / B_iso Wilson estimate: 43.1 Å² / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.84 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2219 / R_sym value: 0.24 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CNS		精密化
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HZP

1hzp

解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.823 / SU B: 26.637 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: CNS AND REFMAC WERE USED FOR REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29801	2076	10 %	RANDOM
R_work	0.22105	-	-	-
obs	0.22865	20783	93.24 %	-
all	-	22289	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.388 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4805	0	56	138	4999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.099	1.962	6718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.468	5	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.025	23.386	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.231	15	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.352	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.26	1.5	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.451	2	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.587	3	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.945	4.5	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	146	-
R_work	0.287	1459	-
obs	-	-	98.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0196	0.4681	0.3388	1.6725	-0.3776	1.3016	0.0423	-0.1569	-0.0496	0.1012	-0.1305	-0.226	0.0152	0.1335	0.0882	-0.1768	0.0672	-0.0309	-0.1142	0.0049	-0.0421	30.9849	28.2067	37.5914
2	2.0093	0.4192	0.8795	1.3295	0.12	1.6252	-0.185	0.0587	0.229	-0.1381	0.0419	0.0803	-0.2485	-0.1203	0.1431	-0.0999	0.0961	-0.0347	-0.1307	-0.0156	-0.0852	11.98	43.3418	20.918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 317	11 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 317	11 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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