PDB-2qlp: Bifunctional dCTP deaminase:dUTPase from Mycobacterium tuberculos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qlp

タイトル

Bifunctional dCTP deaminase:dUTPase from Mycobacterium tuberculosis, apo form

要素

Deoxycytidine triphosphate deaminase

キーワード

HYDROLASE / distorted beta barrel / Nucleotide metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

dCTP deaminase (dUMP-forming) / dCTP deaminase (dUMP-forming) activity / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / dUTP diphosphatase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Christophersen, S. / Harris, P. / Willemoes, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mechanism of dTTP inhibition of the bifunctional dCTP deaminase:dUTPase encoded by Mycobacterium tuberculosis
著者: Helt, S.S. / Thymark, M. / Harris, P. / Aagaard, C. / Dietrich, J. / Larsen, S. / Willemoes, M.

履歴

登録	2007年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qlp.cif.gz	191 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qlp.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qlp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qlp_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qlp_full_validation.pdf.gz	507.1 KB	表示
XML形式データ	2qlp_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	2qlp_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qxxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j4h-2 5ojj-1 3cyq-10 1xs1-2 5ojj-2 7drq-2 1d4a-1 1xs6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase

C: Deoxycytidine triphosphate deaminase

D: Deoxycytidine triphosphate deaminase

E: Deoxycytidine triphosphate deaminase

F: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase

C: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Deoxycytidine triphosphate deaminase

E: Deoxycytidine triphosphate deaminase

F: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.800, 96.700, 78.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	A
8	1	B
9	1	C
10	1	D
11	1	E
12	1	F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 55	1 - 55
2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 55	1 - 55
3	1	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 55	1 - 55
4	1	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 55	1 - 55
5	1	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 55	1 - 55
6	1	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 55	1 - 55
7	2	HIS	HIS	SER	SER	A	A	75 - 158	75 - 158
8	2	HIS	HIS	SER	SER	B	B	75 - 158	75 - 158
9	2	HIS	HIS	SER	SER	C	C	75 - 158	75 - 158
10	2	HIS	HIS	SER	SER	D	D	75 - 158	75 - 158
11	2	HIS	HIS	SER	SER	E	E	75 - 158	75 - 158
12	2	HIS	HIS	SER	SER	F	F	75 - 158	75 - 158

#1: タンパク質	Deoxycytidine triphosphate deaminase / dCTP deaminase 分子量: 17667.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: dcd / プラスミド: pTBdcd7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O07247, UniProt: P9WP17*PLUS, dCTP deaminase
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.9mg/ml enzyme in 50mM HEPES pH 6.8 Reservoir: 20% PEG 8K, 50mM MgCl2, 100mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月22日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→20 Å / Num. all: 32512 / Num. obs: 32512 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.425 Å² / R_merge(I) obs: 0.193 / Net I/σ(I): 6.81
反射シェル	最高解像度: 2.47 Å / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 33612 / Num. unique all: 9296 / % possible all: 99

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.59 Å	19.91 Å
Translation	2.59 Å	19.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.47→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.827 / SU B: 14.383 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.928 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	1626	5 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
all	0.232	32512	-	-
obs	0.232	32512	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.419 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	-3 Å²
2-	-	-1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7362	0	73	120	7555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	2.001	10277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.017	23.918	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.352	15	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.052	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.3	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.285	0.3	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.734	2	4857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.257	3	7711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.722	2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.127	3	2566

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	556	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	B	556	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	556	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	D	556	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	E	556	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	F	556	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	511	MEDIUM POSITIONAL	0.46	0.5
2	B	511	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
3	C	511	MEDIUM POSITIONAL	0.54	0.5
4	D	511	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
5	E	511	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
6	F	511	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
1	A	556	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2	B	556	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
3	C	556	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
4	D	556	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
5	E	556	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
6	F	556	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	A	511	MEDIUM THERMAL	0.52	2
2	B	511	MEDIUM THERMAL	0.56	2
3	C	511	MEDIUM THERMAL	0.57	2
4	D	511	MEDIUM THERMAL	0.57	2
5	E	511	MEDIUM THERMAL	0.49	2
6	F	511	MEDIUM THERMAL	0.58	2

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.533 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	94	-
R_work	0.345	1791	-
obs	-	1885	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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