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- PDB-2qlc: The crystal structure of DNA repair protein RadC from Chlorobium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qlc
タイトルThe crystal structure of DNA repair protein RadC from Chlorobium tepidum TLS
要素DNA repair protein radC homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair protein / RadC / MCSG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0758 / Uncharacterised protein family UPF0758, conserved site / RadC-like JAB domain / UPF0758, N-terminal / RadC-like JAB domain / UPF0758 N-terminal / Uncharacterized protein family UPF0758 signature. / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / RuvA domain 2-like ...Uncharacterised protein family UPF0758 / Uncharacterised protein family UPF0758, conserved site / RadC-like JAB domain / UPF0758, N-terminal / RadC-like JAB domain / UPF0758 N-terminal / Uncharacterized protein family UPF0758 signature. / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / RuvA domain 2-like / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0758 protein CT0611
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, R. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of DNA repair protein RadC from Chlorobium tepidum TLS.
著者: Zhang, R. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT A MONOMER IS PROBABLY THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein radC homolog
B: DNA repair protein radC homolog
C: DNA repair protein radC homolog
D: DNA repair protein radC homolog
E: DNA repair protein radC homolog
F: DNA repair protein radC homolog
G: DNA repair protein radC homolog
H: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3808
ポリマ－114,3808
非ポリマー00
水4,125229
1
A: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: DNA repair protein radC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2971
ポリマ－14,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.434, 95.959, 192.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細It seems that this protein existed as monomer.

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein radC homolog


分子量: 14297.465 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 97-222 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
生物種: Chlorobaculum tepidum / 株: TLS, DSM 12025 / 遺伝子: radC, CT0611 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KES1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 51740 / Num. obs: 49789 / % possible obs: 96.23 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 21.68
反射 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 0.9291

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.142 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.261
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27385 2667 5.1 %RANDOM
Rwork0.21586 ---
obs0.2188 49789 98.76 %-
all-49789 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----1.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.045 Å0.042 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 0 229 8181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0218109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.94810963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964313454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2155987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26223.989371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8151485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6911548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.25576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.24361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2091.56489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1571.51998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41128040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03133494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0624.52923
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 173 -
Rwork0.258 3432 -
obs--92.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.548 Å / Origin y: -2.221 Å / Origin z: 23.143 Å
111213212223313233
T-0.1144 Å2-0.0252 Å2-0.0243 Å2-0.0082 Å20.0133 Å2---0.1306 Å2
L0.2353 °2-0.0326 °20.0733 °2-0.4842 °20.1455 °2--0.375 °2
S-0.0026 Å °-0.0385 Å °0.0188 Å °0.0485 Å °-0.0044 Å °-0.0357 Å °0.0237 Å °-0.0399 Å °0.007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 401 - 40
2X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 8041 - 80
3X-RAY DIFFRACTION1AA81 - 12681 - 126
4X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 402 - 40
5X-RAY DIFFRACTION1BB41 - 8041 - 80
6X-RAY DIFFRACTION1BB81 - 12581 - 125
7X-RAY DIFFRACTION1CC2 - 402 - 40
8X-RAY DIFFRACTION1CC41 - 8041 - 80
9X-RAY DIFFRACTION1CC81 - 12681 - 126
10X-RAY DIFFRACTION1DD4 - 404 - 40
11X-RAY DIFFRACTION1DD41 - 8041 - 80
12X-RAY DIFFRACTION1DD81 - 12581 - 125
13X-RAY DIFFRACTION1EE3 - 403 - 40
14X-RAY DIFFRACTION1EE41 - 8041 - 80
15X-RAY DIFFRACTION1EE81 - 12681 - 126
16X-RAY DIFFRACTION1FF1 - 401 - 40
17X-RAY DIFFRACTION1FF41 - 8041 - 80
18X-RAY DIFFRACTION1FF81 - 12681 - 126
19X-RAY DIFFRACTION1GG3 - 403 - 40
20X-RAY DIFFRACTION1GG41 - 8041 - 80
21X-RAY DIFFRACTION1GG81 - 12681 - 126
22X-RAY DIFFRACTION1HH3 - 403 - 40
23X-RAY DIFFRACTION1HH41 - 8041 - 80
24X-RAY DIFFRACTION1HH81 - 12681 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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