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- PDB-2qkl: The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qkl
タイトルThe crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex
要素
  • SPAC19A8.12 protein
  • SPBC3B9.21 protein
キーワードHYDROLASE / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / mRNA cap binding ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / mRNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dcp2, box A domain / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. ...Dcp2, box A domain / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / NUDIX domain / PH-domain like / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / mRNA decapping complex subunit 2 / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者She, M. / Chen, N. / Song, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis of dcp2 recognition and activation by dcp1.
著者: She, M. / Decker, C.J. / Svergun, D.I. / Round, A. / Chen, N. / Muhlrad, D. / Parker, R. / Song, H.
履歴
登録2007年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPBC3B9.21 protein
B: SPAC19A8.12 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5123
ポリマ－26,3052
非ポリマー2071
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.723, 49.665, 115.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains one biological unit of Dcp1-Dcp2 complex

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要素

#1: タンパク質 SPBC3B9.21 protein / Dcp1 protein


分子量: 15002.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dcp1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質 SPAC19A8.12 protein


分子量: 11302.781 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 1-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC19A8.12 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: O13828, EC: 3.6.1.30
#3: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Ammonium Acetate and 5% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器日付: 2005年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→20 Å / Num. all: 12284 / Num. obs: 11066 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 14.972 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 563 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 10983 99.97 %-
all-12284 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 1 42 1812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9292470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0865208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39623.762101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88515306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9681513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4261.51064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83621722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3223832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1114.5748
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 49 -
Rwork0.289 741 -
obs-790 99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8065-0.0341-0.03661.9185-0.82653.54150.00210.17550.1789-0.0372-0.0110.0249-0.0324-0.03280.0089-0.2041-0.02080.0077-0.1817-0.0052-0.175361.906112.18776.783
23.0263-0.65150.31983.44110.42423.5563-0.0161-0.1384-0.0870.3859-0.01860.010.0934-0.13520.0347-0.0858-0.01890.0168-0.1503-0.006-0.143558.649710.860229.3864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1271 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 912 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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