[日本語] English
万見
- PDB-2qim: Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qim
タイトルCrystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from yellow lupine in complex with Cytokinin
要素PR10.2B
キーワードALLERGEN / trans-zeatin / cytokinin / plant hormones / plant protein / PR-10 protein / pathogenesis-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding ...cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / Class 10 plant pathogenesis-related protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Fernandes, H.C. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Plant cell / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Vigna radiata Cytokinin-Specific Binding Protein in Complex with Zeatin
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a hypoallergenic isoform of the major birch pollen allergen Bet v 1 and its likely biological function as a plant steroid carrier.
著者: Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H.
履歴
登録2007年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PR10.2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9157
ポリマ－16,9061
非ポリマー1,0096
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.822, 73.822, 67.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 PR10.2B / Class 10 plant pathogenesis-related protein


分子量: 16906.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: pr10.2b, Ypr10.2b / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9LLQ2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.803 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si[111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→15 Å / Num. all: 45685 / Num. obs: 45644 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 56.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LlPR-10.2F

解像度: 1.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.642 / SU ML: 0.03
Isotropic thermal model: Anisotropic displacement parameters for non-H atoms
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19438 1163 2.5 %RANDOM
Rwork0.14725 ---
obs0.14843 44481 99.99 %-
all-45685 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 71 233 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0241304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0432.3321761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9632052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8445156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.15526.73152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.49815220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg0.408151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1520.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1510.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0531.5801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8931.5325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.03121264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.1673588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.7024.5497
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.47732328
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.1693234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.3932106
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 84 -
Rwork0.216 3271 -
obs--99.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 63.4287 Å / Origin y: 48.9393 Å / Origin z: 0.2718 Å
111213212223313233
T0.0262 Å2-0.0005 Å2-0.0049 Å2-0.0238 Å20.0031 Å2--0.0191 Å2
L0.0783 °20.0484 °20.0043 °2-0.132 °2-0.0309 °2--0.0949 °2
S0.0026 Å °-0.0006 Å °0.0112 Å °-0.0133 Å °0.0074 Å °0.025 Å °0.0054 Å °0.0069 Å °-0.01 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る