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- PDB-2qil: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qil
タイトルTOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.07 A RESOLUTION
要素TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
キーワードSTAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN / SUPERANTIGEN / TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxic shock syndrome toxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Acharya, K.R. / Papageorgiou, A.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The refined crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 at 2.07 A resolution.
著者: Papageorgiou, A.C. / Brehm, R.D. / Leonidas, D.D. / Tranter, H.S. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: Bacterial Superantigens: Structure, Function and Therapeutic Potential
年: 1995
タイトル: Molecular Topology is Important for the Function of Staphylococcal Superantigens
著者: Tranter, H. / Brehm, R.D. / Acharya, K.R.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Superantigen Enterotoxin C2 from Staphylococcus Aureus Reveals a Zinc-Binding Site
著者: Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R. / Shapiro, R. / Passalacqua, E.F. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structural Basis of Superantigen Action Inferred from Crystal Structure of Toxic-Shock Syndrome Toxin-1
著者: Acharya, K.R. / Passalacqua, E.F. / Jones, E.Y. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S.
履歴
登録1997年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
B: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1
C: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3113
ポリマ－66,3113
非ポリマー00
水3,207178
1
A: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1041
ポリマ－22,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1041
ポリマ－22,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1041
ポリマ－22,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.560, 177.600, 98.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.44572, 0.89496, 0.01933), (-0.89459, -0.44611, 0.02642), (0.03227, -0.00551, 0.99946)26.12599, 132.08661, -32.78778
2given(-0.57444, -0.81835, -0.01794), (-0.81839, 0.57375, 0.03242), (-0.01624, 0.03331, -0.99931)79.54371, 40.0697, 63.3305

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要素

#1: タンパク質 TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 / TSST-1


分子量: 22103.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MN8 / 参照: UniProt: P06886
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
解説: THREE DATA SETS WERE COLLECTED AND MERGED TO GIVE A MASTER DATA SET USED DURING REFINEMENT.
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
223-25 %PEG33501reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.2 %1reservoirNaN3
50.1 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.542
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 52377 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 257472

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.07→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.204 -
obs0.204 51240
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4677 0 0 178 4855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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