PDB-2qi6: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KB98 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qi6

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KB98 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
著者: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B.

履歴

登録	2007年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qi6.cif.gz	57.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qi6.ent.gz	42.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qi6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qi6_validation.pdf.gz	774.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qi6_full_validation.pdf.gz	774.2 KB	表示
XML形式データ	2qi6_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	2qi6_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qhyC 2qhzC 2qi0C 2qi1C 2qi3C 2qi4C 2qi5C 2qi7C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o9i-d 6oxt-d 2psv-d 1t3r-d 4njt-1 4djq-d 3o99-d 6pjl-d 4q1y-d 2qi1-d 3sa9-d 1b6j-d 1mtr-d 1mer-d 2qhy-d 1k6c-d 2qi3-d 6pu8-d 2bpx-d 1b6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.907, 58.258, 61.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MZ8 / N-{(1S,2R)-3-[(1,3-BENZOTHIAZOL-6-YLSULFONYL)(ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYL}-3-HYDROXYBENZAMIDE / KB-98 分子量: 553.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₁N₃O₅S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月20日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15105 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 4.4 / Net I/σ(I): 21.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→42.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.121 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21213	766	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17047	-	-	-
all	0.17252	14314	-	-
obs	0.17252	14314	92.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	48	146	1688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	2.016	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	3	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.946	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.517	24.828	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.672	15	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.794	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.163	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.543	1.5	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.117	1.5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.754	2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.057	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.617	4.5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	45	-
R_work	0.206	868	-
obs	-	-	77.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.974	-0.624	0.0307	4.0148	1.6485	3.0079	-0.2308	-0.2825	0.0723	0.2966	0.1616	0.0402	-0.039	-0.0096	0.0692	-0.0042	0.0649	-0.0042	-0.0258	0.0025	-0.1447	21.1246	25.904	29.3456
2	4.236	-3.1129	0.5744	2.8094	0.0819	3.8218	-0.058	-0.0264	-0.4195	0.0905	0.1406	0.274	-0.0225	-0.0317	-0.0826	-0.0407	-0.0005	0.0369	-0.1018	0.0411	-0.0368	19.726	17.8596	23.0749
3	3.2726	1.1111	-0.2728	3.3231	-1.3317	1.2328	-0.0478	-0.0883	0.0218	0.0348	-0.0787	-0.0753	-0.0701	-0.0326	0.1266	-0.0412	0.0164	-0.0052	-0.0586	-0.0011	-0.0679	27.7188	28.5716	19.0857
4	5.4313	-0.643	2.0498	5.0097	-0.1966	1.7473	0.0543	-0.0767	-0.1205	-0.1138	0.0871	0.1832	-0.1196	0.0012	-0.1415	-0.0449	0.0174	0.009	-0.0682	0.0158	-0.0737	13.3013	27.0974	18.8862
5	18.6427	3.2998	-4.6849	6.655	-1.9555	7.7837	0.0512	-0.4558	-0.4656	0.2086	-0.2481	-0.9705	-0.1514	0.4847	0.197	-0.0499	-0.0109	-0.0831	-0.1272	0.0452	0.0761	38.9885	30.6402	24.1522
6	27.7754	-9.2835	0.2281	5.9934	0.7001	7.8944	-0.1039	0.2327	-0.8893	0.1866	0.1323	1.1759	-0.1865	-0.8107	-0.0284	-0.1139	-0.0119	0.0044	-0.0204	0.0744	0.2246	1.6287	21.7395	18.2024
7	4.9532	0.2032	0.5088	0.622	1.8574	5.5485	0.1393	0.072	0.0034	-0.0612	0.0418	-0.3489	-0.0548	0.4757	-0.1811	-0.0473	-0.0082	0.0125	-0.0314	0.0586	-0.0005	39.568	31.5517	10.6596
8	4.5084	-1.9035	0.4688	6.6609	3.9198	5.2175	0.1928	0.0731	0.065	-0.218	-0.0818	0.5388	0.0206	-0.6825	-0.111	-0.0975	0.0063	0.0191	0.0352	0.0908	-0.0199	0.4252	34.3646	13.688
9	14.8205	-1.7022	-3.6448	1.2264	0.1596	2.8826	0.0024	0.2128	-0.3744	-0.119	-0.1591	0.0716	-0.0319	-0.0203	0.1567	-0.0365	0.0146	0.0002	-0.0618	0.0116	-0.0811	27.4552	30.8814	4.8315
10	10.5191	-2.997	-0.6299	2.3684	-1.4084	1.7026	0.0174	0.1157	-0.0172	0.0595	0.0691	0.0935	-0.0828	-0.0725	-0.0865	-0.0249	0.001	0.0071	-0.0574	0.0187	-0.0567	12.8741	39.4395	11.4604
11	0.5305	0.6346	-0.1977	0.9684	0.5564	3.0771	0.0218	0.0894	0.1396	0.0513	-0.1768	0.0831	-0.1852	0.0628	0.155	-0.0365	0.0023	-0.01	-0.0334	0.022	-0.0047	29.2801	33.1865	14.8164
12	6.9933	-6.3154	7.4434	8.3737	-8.3535	8.9193	0.3924	0.3504	-0.1215	-0.3519	-0.1017	0.2245	0.5275	0.5487	-0.2907	-0.0161	0.0171	-0.0228	-0.0572	-0.0072	-0.0574	10.4621	29.471	12.6996
13	1.6152	-1.4737	1.19	3.6324	0.1426	1.9555	0.0113	0.1229	-0.0964	0.0326	-0.0496	-0.0981	0.0542	0.0188	0.0383	-0.0356	-0.0065	0.0019	-0.0283	-0.0025	-0.0059	28.9438	19.8443	19.6105
14	6.3455	-2.8438	-3.7196	6.6815	-2.8094	5.8865	-0.4764	-0.6398	0.0564	-0.0871	0.5135	0.4372	0.0982	-0.1147	-0.0371	0.0043	0.0818	0.0334	0.0327	0.0304	-0.0674	11.7431	28.6744	27.0593
15	1.3973	-1.297	-2.0567	10.0773	-10.5224	22.1695	-0.1704	0.0685	-0.6143	-0.4716	-0.558	-0.5739	0.1883	0.5306	0.7284	-0.1328	0.0606	0.0658	-0.0011	0.0754	-0.0141	39.1237	23.604	10.6372
16	9.4749	8.632	-9.4857	12.2919	-10.2665	20.1132	0.2361	-0.3409	0.1722	0.4702	0.1907	0.4142	-0.66	-0.4529	-0.4268	-0.134	0.1014	0.0196	-0.0452	0.061	0.0244	1.4267	36.4865	21.1394
17	13.0539	-4.4558	-6.3361	15.0313	1.6216	18.189	0.0508	0.1045	1.0295	0.2252	0.1347	-0.1527	0.0706	-0.0886	-0.1855	-0.1429	-0.0289	-0.0902	-0.1323	0.0383	0.0168	37.1577	24.4787	23.9441
18	23.7711	-5.8161	2.6312	2.8009	2.0737	5.6508	-0.549	0.8154	0.4321	0.3891	-0.0823	-0.3045	0.8484	0.6173	0.6313	-0.0236	0.1042	0.091	0.0604	0.1291	-0.0053	3.2355	23.5573	24.2482
19	1.2165	-1.5346	-0.1745	3.1056	-1.4943	7.9168	0.023	0.1096	-0.0082	-0.0562	-0.0445	-0.2489	0.22	0.3098	0.0214	-0.0657	0.004	0.0113	-0.0762	0.0227	0.0032	36.427	21.9273	18.2982
20	1.8316	2.4829	-3.2719	4.0088	-5.3279	7.0838	-0.1129	-0.244	0.0201	-0.4526	0.148	0.3074	0.3884	0.1329	-0.0351	-0.0337	0.0561	0.0246	-0.0146	0.0702	0.0098	4.3058	29.6798	24.8983
21	10.8392	-4.3217	-1.3254	11.6547	-0.1814	2.583	0.1108	0.172	-0.2011	-0.6006	-0.0347	-0.0239	-0.3741	0.2205	-0.0761	-0.0717	0.014	-0.0046	-0.0681	0.0038	-0.1212	19.562	30.6458	14.3701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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