PDB-2qhz: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-1-AC87 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qhz

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, MIT-1-AC87 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
著者: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B.

履歴

登録	2007年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qhz.cif.gz	58.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qhz.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qhz_validation.pdf.gz	780.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qhz_full_validation.pdf.gz	781.2 KB	表示
XML形式データ	2qhz_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2qhz_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qhyC 2qi0C 2qi1C 2qi3C 2qi4C 2qi5C 2qi6C 2qi7C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qi5-d 4njs-1 6pjm-d 3o9c-d 3hlo-d 1a94-1 1b6l-d 4obj-d 1k6t-d 5bry-d 3oy4-d 3bxr-d 3sac-d 4zls-d 4mc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.737, 58.011, 61.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MZ2 / (2E)-N-[(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{(2-THIENYLMETHYL)[(2,4,5-TRIFLUOROPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL]-4,4,4-TRIFLUORO-3-METHYLBUT-2-ENAMIDE 分子量: 606.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₄F₆N₂O₄S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月22日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15443 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 6.5 / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.182 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20521	777	5 %	RANDOM
R_work	0.16558	-	-	-
all	0.16749	14637	-	-
obs	0.16749	14637	95.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.822 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1506	0	65	166	1737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	2.028	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.717	3	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.302	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.353	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.454	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.107	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.182	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.479	1.5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.098	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.658	2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.05	3	694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.614	4.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	48	-
R_work	0.202	833	-
obs	-	-	76.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4009	-1.4151	-0.2619	6.6502	1.0713	3.0889	-0.1197	-0.1427	0.0893	0.217	0.0249	0.0077	-0.0724	-0.0217	0.0948	-0.0528	0.0294	-0.0028	-0.0617	-0.0036	-0.1479	21.1366	25.7143	29.4507
2	4.7124	-1.9309	0.9613	2.5669	1.5718	6.2159	-0.1441	-0.0223	-0.4202	0.1611	0.1599	0.2319	0.2047	0.0493	-0.0158	-0.0556	-0.0081	0.0412	-0.1367	0.0449	-0.0511	19.7764	17.6864	23.0707
3	1.9826	1.7044	0.7591	2.5521	0.0928	1.273	-0.0656	0.0454	-0.0063	-0.0026	0.0181	-0.0565	-0.0682	-0.1629	0.0475	-0.0542	0.0103	-0.0101	-0.0917	-0.0015	-0.0701	27.6853	28.4526	19.241
4	5.6058	0.9405	1.7195	5.8487	0.1568	1.0011	-0.0303	0.0611	-0.1061	-0.1841	0.1149	0.0243	-0.0802	-0.0453	-0.0846	-0.0723	0.0022	0.0068	-0.087	0.004	-0.1019	12.806	26.8062	18.6671
5	12.8455	2.5564	-2.5039	4.888	-0.899	7.424	0.1479	-0.1254	0.0529	0.2182	-0.1578	-0.6493	0.0263	0.3584	0.0099	-0.0833	0.0007	-0.0631	-0.1308	0.0489	-0.0095	39.0011	30.4809	24.2812
6	33.5676	-11.1243	0.4033	4.8593	0.5588	2.729	0.2861	0.374	-0.6617	0.0487	-0.3071	0.3056	-0.1014	-0.2726	0.0211	-0.0822	-0.0174	0.0233	-0.1044	0.0022	-0.0031	1.7285	21.5981	17.9849
7	5.7652	-3.0766	-1.5511	3.1339	3.3458	8.084	-0.0098	0.1771	0.1754	0.0179	0.0376	-0.1362	0.0731	0.166	-0.0278	-0.0794	-0.0341	0.0149	-0.0824	0.0495	-0.0701	39.267	31.0237	10.1738
8	9.9205	-2.1258	-1.1349	8.2456	2.3915	4.4727	0.1433	0.1687	0.1513	0.008	-0.0681	0.06	0.0039	-0.3013	-0.0752	-0.1132	-0.0145	-0.01	-0.0718	0.0797	-0.1104	0.5933	34.8086	14.2025
9	15.8928	-3.0555	-3.2696	0.803	-0.1182	3.2598	-0.0973	0.1666	-0.1226	-0.0188	-0.0223	0.0193	-0.0222	-0.0644	0.1196	-0.0441	0.0003	0.0071	-0.1298	-0.0022	-0.0792	27.2838	30.8878	4.8032
10	11.8998	-2.2799	-3.6778	3.042	-0.5325	1.7241	0.0502	0.1006	-0.0544	-0.0801	0.0167	0.0916	-0.0346	-0.0207	-0.067	-0.0513	0.0074	0.0026	-0.0805	0.0031	-0.079	12.6056	39.4016	11.5873
11	0.8946	-0.1035	-1.8641	3.3677	-2.4358	5.9793	0.0562	0.1442	0.0971	0.0855	0.1309	0.3654	-0.2832	-0.0702	-0.1871	-0.0551	-0.0059	-0.0275	-0.0755	0.0083	-0.0511	29.1768	33.0363	15.1024
12	4.1297	-5.2709	5.9346	7.0738	-7.7131	8.5837	0.2819	0.2208	-0.0548	-0.1961	-0.122	0.297	0.3736	0.3171	-0.16	-0.0403	-0.0091	-0.0254	-0.0699	0.0061	-0.0775	10.5001	29.4254	12.8422
13	2.1654	0.4451	-0.2825	1.0169	0.5851	1.6631	0.1235	0.0262	-0.0678	0.0552	-0.1278	-0.1447	-0.0326	-0.068	0.0043	-0.0553	-0.0088	-0.0126	-0.0672	0.0023	-0.0592	29.0138	19.7347	19.7063
14	5.2314	-1.6212	-5.2301	0.5024	1.6209	5.2288	-0.2197	-0.4336	0.1197	-0.1319	0.2394	0.038	0.2089	0.045	-0.0198	-0.0544	0.0402	-0.0087	-0.0286	0.0119	-0.0554	11.7342	28.484	27.1366
15	2.1553	-1.6242	3.3681	11.265	-7.7751	21.9214	-0.0703	0.4158	-0.7478	-0.13	-0.4114	-0.0469	0.079	0.766	0.4818	-0.1431	0.0342	0.0603	-0.0483	0.051	-0.039	39.0976	23.6742	10.6768
16	14.1287	6.7578	-8.3903	13.4074	-13.1636	17.4821	0.4678	-0.3883	0.5311	0.3562	0.0655	0.6526	-0.3791	0.0664	-0.5333	-0.1445	0.0604	-0.0004	-0.1107	0.0262	-0.013	1.4067	36.2727	21.2704
17	8.5456	-3.7299	-8.839	9.7432	4.4559	24.9692	0.04	0.053	0.5118	0.1567	0.0162	-0.2053	-0.2597	0.0848	-0.0562	-0.1207	-0.0458	-0.0797	-0.123	0.0087	-0.0501	37.0976	24.4673	24.0602
18	30.4954	-15.3794	-3.4204	14.3136	4.1864	12.0281	-0.0657	0.5322	0.3949	0.0966	-0.2841	-0.7949	0.3882	0.2138	0.3498	-0.1394	0.0096	0.0259	-0.0283	0.068	-0.0836	3.2268	23.4769	24.0259
19	2.9624	-0.4744	-1.2869	3.7025	-1.3266	7.6785	-0.0094	0.0832	-0.1205	0	-0.0571	-0.26	0.1171	0.6689	0.0664	-0.0982	-0.008	0.0014	-0.1148	0.0001	-0.0225	36.3901	21.9044	18.3257
20	4.7772	2.351	-4.5924	9.5724	-4.9755	8.8633	0.0349	-0.0961	0.0447	0.0264	0.1761	0.4017	0.0324	-0.0062	-0.211	-0.1258	0.0143	-0.0371	-0.0752	0.0189	-0.0543	4.2291	29.4279	24.9452
21	9.1695	-0.6532	-1.4462	12.45	-2.1212	8.1867	0.0525	0.0616	-0.1762	-0.3491	-0.0658	-0.3872	0.1013	0.3518	0.0133	-0.0475	0.0275	-0.0018	-0.0457	0.0088	-0.0693	19.7932	30.7072	14.1875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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