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万見
- PDB-2qhe: Crystal structure of Ser49-PLA2 (ecarpholin S) from Echis carinat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qhe
タイトルCrystal structure of Ser49-PLA2 (ecarpholin S) from Echis carinatus sochureki snake venom
要素Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / BETA SHEET / THREE HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog ecarpholin S
類似検索 - 構成要素
生物種Echis carinatus (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, X. / Valiyaveettil, S. / Go, M.L. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008
タイトル: Structural Characterization of Myotoxic Ecarpholin S from Echis carinatus Venom
著者: Zhou, X. / Tan, T.C. / Valiyaveettil, S. / Go, M.L. / Kini, R.M. / Velazquez-Campoy, A. / Sivaraman, J.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8391
ポリマ－13,8391
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.231, 39.487, 68.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / Ecarpholin S / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13838.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: snake venom gland / 由来: (天然) Echis carinatus (ヘビ) / 参照: UniProt: P48650, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG3350, 20% iso-propanol, 0.1M sodium citrate pH5.6, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 6463 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.074.70.145751.02987.4
2.07-2.154.90.116581.04199.7
2.15-2.255.10.0986451.04798.2
2.25-2.375.10.0866301.01197.2
2.37-2.525.10.0756430.98997
2.52-2.715.10.0626611.00498.5
2.71-2.9950.0536551.04497.5
2.99-3.425.10.0466510.99895.6
3.42-4.315.10.0416691.03596
4.31-504.90.0476760.94990.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JIA

1jia


解像度: 2→20 Å / FOM work R set: 0.848 / σ(F): 110
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 611 9.1 %
Rwork0.192 --
obs-6322 94.3 %
溶媒の処理Bsol: 92.951 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.548 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.038 Å20 Å20 Å2
2---0.108 Å20 Å2
3---0.069 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数959 0 0 96 1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.258
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9442
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7242.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2-2.060.196441
2.06-2.130.217180.188504522
2.13-2.20.234730.19464537
2.2-2.290.265640.2456520
2.29-2.390.306610.197458519
2.39-2.520.286680.223449517
2.52-2.680.199430.178491534
2.68-2.880.287540.189492546
2.88-3.170.277620.202468530
3.17-3.630.246530.172486539
3.63-4.560.276550.185493548
4.56-200.216600.204509569
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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