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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qfw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Saccharomyces cerevesiae mitochondrial NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase [NADP] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADPH regeneration / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / glutamate biosynthetic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / glyoxylate cycle / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle ...NADPH regeneration / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / glutamate biosynthetic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / glyoxylate cycle / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / Neutrophil degranulation / NAD binding / magnesium ion binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peng, Y.J. / Ding, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of Saccharomyces cerevesiae mitochondrial NADP-dependent isocitrate dehydrogenase in different enzymatic states reveal substantial conformational changes during the catalytic reaction 著者: Peng, Y.J. / Zhong, C. / Huang, W. / Ding, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 516.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 503.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 541.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 99.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 136.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48143.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YPH499 / 遺伝子: IDP1 / プラスミド: pET-3E-His / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ICT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Li2SO4, 0.1M NaF, 20% PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月22日 / 詳細: MSC confocal max-flux optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→19.9 Å / Num. obs: 82166 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.62 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 9 / Scaling rejects: 11366 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 22349 / Num. unique all: 8296 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 0.59 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.641 / Packing: 0.595
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LWD 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 14.637 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.646 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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