PDB-2qfc: Crystal Structure of Bacillus thuringiensis PlcR complexed with PapR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qfc

タイトル

Crystal Structure of Bacillus thuringiensis PlcR complexed with PapR

要素

C-terminus pentapeptide from PapR protein
PlcR protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / TPR / HTH

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar israelensis ATCC 35646 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Declerck, N. / Chaix, D. / Rugani, N. / Hoh, F. / Arold, S.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of PlcR: Insights into virulence regulation and evolution of quorum sensing in Gram-positive bacteria
著者: Declerck, N. / Bouillaut, L. / Chaix, D. / Rugani, N. / Slamti, L. / Hoh, F. / Lereclus, D. / Arold, S.T.

履歴

登録	2007年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qfc.cif.gz	130.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qfc.ent.gz	104.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qfc_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qfc_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	2qfc_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	2qfc_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kyl-d 4gxy-d 5xn7-1 5jk6-d 6i60-2 3u3w-d 6e53-d 4red-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PlcR protein

B: PlcR protein

C: C-terminus pentapeptide from PapR protein

D: C-terminus pentapeptide from PapR protein

ヘテロ分子

71.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.680, 85.680, 189.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	PlcR protein 分子量: 35061.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar israelensis ATCC 35646 (バクテリア) 生物種: Bacillus thuringiensis / 株: serovar israelensis ATCC 35646 / 遺伝子: plcR / プラスミド: pET 16.28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45782, UniProt: Q3EZ40*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	C-terminus pentapeptide from PapR protein 分子量: 651.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthetic peptide derived from the C-terminus of PapR 参照: UniProt: Q3EZ39*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 40% PEG 200, 100 mM MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29	1	0.976
シンクロトロン	ESRF	ID29	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2004年12月3日	ondulator
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2004年12月4日	ondulator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.976	1
2	0.979	1

Reflection

冗長度: 8.3 % / Av σ(I) over netI: 4.2 / 数: 163226 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_sym value: 0.121 / D res high: 2.8 Å / D res low: 74.329 Å / Num. obs: 19572 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.85	74.33	99.7	1	0.086	0.086	7.8
6.26	8.85	100	1	0.082	0.082	9.1
5.11	6.26	100	1	0.098	0.098	9
4.43	5.11	100	1	0.083	0.083	8.6
3.96	4.43	100	1	0.088	0.088	8.5
3.61	3.96	100	1	0.12	0.12	8.4
3.35	3.61	100	1	0.162	0.162	8.3
3.13	3.35	100	1	0.249	0.249	8
2.95	3.13	100	1	0.425	0.425	8.1
2.8	2.95	100	1	0.686	0.686	8

反射

解像度: 2.6→74.2 Å / Num. obs: 24242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 71.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 19692 / Num. unique all: 3508 / R_sym value: 0.457 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→74.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 25.107 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic and TCL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.727 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.304	1234	5.1 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.228	24186	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→74.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	28	30	4920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.69	1.974	6682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.64	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.282	25	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.476	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.295	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.266	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.256	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	1.5	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.389	2	4634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.297	3	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.585	4.5	2048

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	89	-
R_work	0.272	1691	-
obs	-	1780	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9421	1.6567	-0.6542	15.9832	4.1133	20.2698	1.7135	0.7472	-0.218	-0.361	-0.4352	-1.7304	0.4993	1.655	-1.2783	0.1553	0.3258	-0.1904	0.9258	-0.1965	0.3403	19.7326	67.2769	27.1747
2	18.8803	-3.4479	2.0513	3.8362	0.2759	8.749	-0.6584	-1.229	-1.133	1.0308	0.8473	-0.5009	1.212	1.0101	-0.1889	0.5951	0.2929	-0.1727	0.2308	-0.0143	0.2716	0.7852	59.5348	12.4855
3	0.5194	-0.8917	1.4059	5.5089	0.0231	5.2978	-0.1026	0.0889	0.1217	0.0599	0.1926	-0.3672	-0.2329	0.1212	-0.09	0.1797	-0.0326	0.0035	0.1202	-0.0536	0.174	-7.563	68.1078	0.5538
4	4.1567	0.374	0.1957	6.0733	0.3293	2.9369	-0.1458	-0.0782	-0.2612	-0.5735	0.2794	-0.6485	0.3516	0.1048	-0.1336	0.3305	-0.0255	0.039	0.1262	-0.0229	0.1812	-7.7436	53.5407	-7.9221
5	3.1842	0.0061	1.4634	3.4172	-1.4312	7.8744	-0.1474	-0.1845	-0.3018	-0.4915	0.0444	0.4181	0.3039	-0.3302	0.103	0.0983	-0.0858	-0.1486	0.1254	0.0949	0.2217	-23.0015	41.2788	-2.4904
6	15.7125	7.6886	-3.5051	6.5863	-0.6327	4.0067	-1.7273	0.6345	1.3277	0.3992	0.5413	1.8763	-2.9732	-1.8623	1.186	0.4361	0.3454	-0.2597	0.5275	-0.0743	0.5468	-32.8349	48.2479	6.1771
7	16.7854	-1.6379	-5.4698	8.4787	4.3984	11.9676	0.7574	0.1747	1.1872	1.1762	0.0667	-0.3273	-1.0334	0.7576	-0.8241	0.9161	-0.1905	0.2514	0.1284	0.0444	0.1168	25.2989	57.5689	-6.1884
8	7.8314	12.8204	-5.3037	37.3996	-7.1649	8.5776	0.2519	0.4837	0.5838	-2.2029	0.0986	0.5769	-1.0872	-0.9077	-0.3504	0.4521	0.3647	0.0968	0.0145	0.1527	-0.0061	9.5876	45.6191	8.604
9	3.7381	-1.6339	-0.315	4.2174	-1.5259	4.5681	0.092	0.0291	0.2273	-0.3022	0.0254	-0.2312	0.0305	0.371	-0.1174	0.0925	0.0289	0.0482	0.2493	-0.0391	0.1706	12.4039	33.6061	20.7806
10	5.5024	-0.0631	0.7981	2.2517	0.2234	2.1229	-0.2138	-0.4944	0.1462	-0.132	0.278	0.1839	0.0019	-0.2294	-0.0642	0.1136	-0.0176	0.0226	0.1869	0.1013	0.141	-11.3222	36.4817	25.967
11	22.629	7.8566	1.8333	18.4486	-1.3391	0.3968	2.3912	-1.4985	-1.9031	0.2796	-2.141	1.3134	1.9866	1.1362	-0.2502	0.8461	0.1138	-0.0587	-0.0839	0.2026	0.4928	-17.3026	21.3858	15.0763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 60	3 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	61 - 91	61 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	92 - 141	92 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	142 - 193	142 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	194 - 269	194 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	270 - 286	270 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	3 - 59	3 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	60 - 91	60 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	92 - 141	92 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	142 - 269	142 - 269
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	270 - 286	270 - 286

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