PDB-2qar: Structure of the 2TEL crystallization module fused to T4 lysozyme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qar

タイトル

Structure of the 2TEL crystallization module fused to T4 lysozyme with a helical linker.

要素

E80-TELSAM domain
Lysozyme
TELSAM domain

キーワード

hydrolase regulator / polymer / crystallization modules / Sterile Alpha Motif

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / viral release from host cell by cytolysis / Signaling by FLT3 fusion proteins / peptidoglycan catabolic process / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nauli, S. / Bowie, J.U.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Polymer-driven crystallization.
著者: Nauli, S. / Farr, S. / Lee, Y.J. / Kim, H.Y. / Faham, S. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2007年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qar.cif.gz	150.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qar.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qar_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qar_full_validation.pdf.gz	495.1 KB	表示
XML形式データ	2qar_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	2qar_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qb0C 2qb1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k79-d 1k7a-d 2blm-d 2736 1mc0-2 4blm-d 1mc0-d 1it6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E80-TELSAM domain

B: TELSAM domain

C: Lysozyme

D: E80-TELSAM domain

E: TELSAM domain

F: Lysozyme

ヘテロ分子

78.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E80-TELSAM domain

B: TELSAM domain

C: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: E80-TELSAM domain

E: TELSAM domain

F: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.512, 119.512, 58.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	19 - 89	6 - 76
2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	19 - 89	6 - 76
1	2	SER	SER	ALA	ALA	B	B	15 - 107	1 - 93
2	2	SER	SER	ALA	ALA	E	E	15 - 107	1 - 93
1	3	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	1 - 163	1 - 163
2	3	GLY	GLY	LYS	LYS	F	F	1 - 163	1 - 163

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	E80-TELSAM domain 分子量: 9924.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBAD-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P41212*PLUS
#2: タンパク質	TELSAM domain 分子量: 10694.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBAD-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P41212*PLUS
#3: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18477.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720*PLUS, lysozyme

-
非ポリマー , 3種, 87分子

#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.86 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.4→150 Å / Num. obs: 35939 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.09 / Net I/σ(I): 17.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	4	0.397	3567	1.013	1	98
2.49-2.59	4.4	0.357	3525	0.977	1	98.2
2.59-2.7	4.8	0.305	3589	1.023	1	98.2
2.7-2.85	5.3	0.239	3564	1.037	1	99.1
2.85-3.02	5.9	0.189	3629	1.077	1	99.4
3.02-3.26	6.8	0.134	3592	1.112	1	99.5
3.26-3.59	7.3	0.093	3628	1.153	1	99.9
3.59-4.1	7.8	0.068	3615	1.145	1	99.8
4.1-5.17	8	0.056	3630	1.132	1	99.9
5.17-150	8.1	0.046	3600	1.08	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→103.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 18.777 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1784	5 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	35928	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.678 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.1 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→103.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5440	0	34	77	5551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.121	1.958	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.715	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.555	23.801	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.754	15	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.517	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.355	2	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.394	3	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.02	2	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.222	3	2150

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	589	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	A	589	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	B	739	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	B	739	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	C	1285	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	1285	TIGHT THERMAL	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	135	-
R_work	0.285	2406	-
obs	-	2541	94.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	51.6534	-45.213	-8.7559	74.9306	37.8197	70.5747	-0.0039	0.5105	-2.5032	2.5757	-0.9915	-0.899	2.2757	-2.8871	0.9954	0.3015	-0.103	0.0561	0.4247	-0.1738	0.3922	33.2127	-31.722	2.5723
2	1.4784	1.2362	0.3459	6.0174	1.4956	3.1647	0.0227	0.0837	-0.1014	0.0995	-0.0823	0.1103	0.0373	-0.512	0.0597	-0.1928	-0.0045	0.0548	-0.0223	-0.0525	-0.1015	40.078	-28.1329	13.9377
3	7.7934	2.0003	0.675	4.5365	0.2847	2.6695	-0.0007	-0.0362	0.2119	0.0992	-0.0453	-0.1176	-0.4239	-0.1385	0.0459	-0.0633	0.0301	-0.0045	-0.2536	-0.0502	-0.1783	55.56	-13.8208	22.539
4	8.765	17.4999	-25.374	43.6048	-50.5629	73.4569	0.1992	0.4865	1.4702	-0.4851	-0.9222	-0.9405	-1.9739	2.6952	0.723	0.5545	-0.4794	0.1433	0.894	0.4781	0.5415	66.5924	-1.2815	1.1472
5	6.5625	0.799	-0.1001	9.425	-10.804	16.4568	-0.9641	0.6916	-0.9138	-1.8662	-0.0822	-1.1051	2.1552	0.2016	1.0463	-0.0059	-0.0995	0.3478	0.0582	0.0323	-0.2107	92.1618	14.4415	-7.4055
6	5.9434	1.687	1.143	2.0457	0.2955	3.137	-0.005	-0.0257	0.0648	-0.1406	-0.0568	0.155	-0.4727	-0.2526	0.0618	-0.0691	0.0922	-0.026	-0.1621	-0.0704	-0.0933	-4.3558	-48.2735	-6.4525
7	7.0217	-2.5123	0.756	5.0345	-0.3455	2.5777	0.1589	0.1756	0.0142	-0.1851	-0.1359	-0.4145	-0.3127	0.3795	-0.023	-0.1845	-0.0927	-0.0282	-0.1283	-0.0169	-0.1279	17.5971	-55.3649	0.8681
8	9.6202	0.775	-9.2238	6.7597	-5.7965	16.6699	-0.7864	1.9189	-1.3535	-0.703	-0.1776	0.3341	1.2449	-1.777	0.9641	-0.0558	0.0791	0.2038	0.088	-0.2956	-0.2297	58.6167	-72.6387	-26.7103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 18	2 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 91	6 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	15 - 94	1 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	95 - 107	81 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 162	1 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	D	15 - 95	2 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	E	15 - 107	1 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	F	1 - 162	1 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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