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- PDB-2blm: BETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C AT 2 ANGSTRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2blm
タイトルBETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE(ACTING IN CYCLIC AMIDES)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Moews, P.C. / Knox, J.R. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Beta-lactamase of Bacillus licheniformis 749/C at 2 A resolution.
著者: Moews, P.C. / Knox, J.R. / Dideberg, O. / Charlier, P. / Frere, J.M.
#1: ジャーナル: Molecular Recognition. Chemical and Biochemical Problems
年: 1989
タイトル: Crystallographic Comparison of Penicillin-Recognizing Enzymes
著者: Knox, J.R. / Kelly, J.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: On the Origin of Bacterial Resistance to Penicillin. Comparison of a Beta-Lactamase and a Penicillin Target
著者: Kelly, J.A. / Dideberg, O. / Charlier, P. / Wery, J.P. / Libert, M. / Moews, P.C. / Knox, J.R. / Duez, C. / Fraipont, C. / Joris, B. / Dusart, J. / Frere, J.M. / Ghuysen, J.M.
履歴
登録1990年2月2日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0852
ポリマ－59,0852
非ポリマー00
水00
1
A: BETA-LACTAMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5421
ポリマ－29,5421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5421
ポリマ－29,5421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.800, 90.700, 43.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 167 AND PRO B 167 ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8708, 0.00104, 0.49164), (0.0011, -1, 0.00018), (0.49164, 0.00039, -0.8708)
ベクター: 17.6699, 91.0226, 26.8343)

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29542.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
参照: UniProt: P00808, beta-lactamase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %(w/v)PEG60001reservoir
250 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. measured all: 53000 / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.208 27330
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数520 0 0 0 520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0180.016
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.43
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.210.13
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.35
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.20.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.180.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.52.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.830
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor24.630
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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