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万見
- PDB-2q9n: 4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q9n
タイトル4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase inhibitor / tricyclic carbapenem
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LK5 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Plantan, I. / Selic, L. / Mesar, T. / Stefanic Anderluh, P. / Oblak, M. / Prezelj, A. / Hesse, L. / Andrejasic, M. / Vilar, M. / Turk, D. ...Plantan, I. / Selic, L. / Mesar, T. / Stefanic Anderluh, P. / Oblak, M. / Prezelj, A. / Hesse, L. / Andrejasic, M. / Vilar, M. / Turk, D. / Kocijan, A. / Prevec, T. / Vilfan, G. / Kocjan, D. / Copar, A. / Urleb, U. / Solmajer, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: 4-Substituted Trinems as Broad Spectrum beta-Lactamase Inhibitors: Structure-Based Design, Synthesis, and Biological Activity
著者: Plantan, I. / Selic, L. / Mesar, T. / Anderluh, P.S. / Oblak, M. / Prezelj, A. / Hesse, L. / Andrejasic, M. / Vilar, M. / Turk, D. / Kocijan, A. / Prevec, T. / Vilfan, G. / Kocjan, D. / ...著者: Plantan, I. / Selic, L. / Mesar, T. / Anderluh, P.S. / Oblak, M. / Prezelj, A. / Hesse, L. / Andrejasic, M. / Vilar, M. / Turk, D. / Kocijan, A. / Prevec, T. / Vilfan, G. / Kocjan, D. / Copar, A. / Urleb, U. / Solmajer, T.
履歴
登録2007年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
A: (1S,4R,7AR)-4-BUTOXY-1-[(1R)-1-FORMYLPROPYL]-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3502
ポリマ－39,0411
非ポリマー3091
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.377, 68.984, 62.020
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39040.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacter cloacae (バクテリア) / 参照: UniProt: P05364, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-LK5 / (1S,4R,7AR)-4-BUTOXY-1-[(1R)-1-FORMYLPROPYL]-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID


分子量: 309.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M sodium acetate 0.2M ammonium acetate 22% PEG4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月22日
放射モノクロメーター: XENOCS optical collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17447 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 64.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
MAIN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XX2

1xx2


解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 872 5 %random
Rwork0.263 ---
all0.263 ---
obs0.263 17447 90.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 22 124 2897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0093
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.744
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % reflection obs: 64.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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