PDB-2q8p: Crystal Structure of selenomethionine labelled S. aureus IsdE com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q8p

タイトル

Crystal Structure of selenomethionine labelled S. aureus IsdE complexed with heme

要素

Iron-regulated surface determinant E

キーワード

METAL TRANSPORT / helical backbone metal receptor superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

heme transport / cellular response to iron ion / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Murphy, M.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Heme Coordination by Staphylococcus aureus IsdE.
著者: Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2007年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q8p.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q8p.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q8p_validation.pdf.gz	809.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q8p_full_validation.pdf.gz	814.4 KB	表示
XML形式データ	2q8p_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	2q8p_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q8qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q8q-d 5y89-2 4fil-1 3ppo-1 3ppq-1 3emy-d 5uy4-d 3kn8-d 5ysc-d 3l57-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-regulated surface determinant E

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.527, 63.527, 144.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Iron-regulated surface determinant E 分子量: 30112.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: isdE / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A652
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM MES, 0.2 M ammonuim acetate, 28% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.978894 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月19日
詳細: Flat mirror (vertical focusing), single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978894 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 19425 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 30

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	7.6	0.359	1	79
2.02-2.1	7.9	0.268	1	85.6
2.1-2.2	7.9	0.192	1	85
2.2-2.31	7.9	0.15	1	86.8
2.31-2.46	15.2	0.167	1	86.7
2.46-2.65	15	0.122	1	86.8
2.65-2.91	14.7	0.095	1	87.2
2.91-3.33	14.5	0.069	1	86.3
3.33-4.2	14.4	0.055	1	85.4
4.2-50	14.5	0.059	1	90.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 10 Å / FOM : 0.37 / 反射: 15694

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	24.103	4.21	10.179	SE	34.9	0.87
2	50.495	28.545	8.208	SE	35.6	0.75
3	26.582	12.408	6.436	SE	36.5	0.88
4	52.737	19.219	12.642	SE	32.3	0.72
5	14.488	3.953	11.834	SE	34.3	0.63
6	53.079	35.809	9.737	SE	38.4	0.58
7	49.006	13.867	3.957	SE	60	0.74
8	51.979	47.904	14.533	SE	53.1	0.76
9	41.401	23.386	6.734	SE	53.7	0.51

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.34-10	0.43	1110
4.42-6.34	0.46	1565
3.58-4.42	0.44	1891
3.08-3.58	0.42	2104
2.75-3.08	0.4	2183
2.51-2.75	0.37	2170
2.32-2.51	0.29	2265
2.17-2.32	0.21	2406

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.55 / 反射: 15694 / Reflection acentric: 12992 / Reflection centric: 2702

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6-9.999	0.91	0.94	0.85	674	437	237
3.8-6	0.92	0.94	0.83	2457	1879	578
3-3.8	0.82	0.86	0.68	2952	2412	540
2.6-3	0.64	0.67	0.48	2735	2309	426
2.3-2.6	0.46	0.49	0.3	4287	3689	598
2.1-2.3	0.29	0.3	0.2	2589	2266	323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.11	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.493 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26293	963	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20105	-	-	-
obs	0.20422	17938	84.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.785 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2076	0	43	183	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	2.041	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.415	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.103	25.914	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.497	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.514	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.072	2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.994	3	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.772	4.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.02 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.417	59	-
R_work	0.262	1235	-
obs	-	-	80.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0288	0.0619	1.3196	2.7294	-0.2882	4.195	-0.3029	0.0386	0.1318	-0.0368	0.067	-0.2829	-0.2654	0.5306	0.236	0.1389	-0.0103	-0.0529	0.0756	0.011	-0.0459	68.271	49.043	59.878
2	2.016	0.3154	0.4343	2.3589	0.0824	3.0929	-0.152	0.2207	-0.0982	-0.1756	0.0852	-0.2561	0.2092	0.5478	0.0667	0.105	0.0616	0.0109	0.0829	-0.0084	-0.0823	69.363	41.381	56.084
3	1.3527	0.4443	0.0495	1.2716	-0.1422	3.3746	-0.1714	-0.0456	-0.1674	0.0793	0.0425	0.1587	0.1211	-0.2656	0.1289	0.1677	0.0299	0.0477	-0.0108	-0.0358	-0.0165	45.253	34.786	58.19
4	3.3365	0.8368	0.6206	0.8296	-1.3246	3.6509	-0.2208	0.1234	-0.3629	0.0112	0.0375	0.0627	0.3194	-0.0902	0.1832	0.2343	-0.0103	0.0361	-0.0479	-0.0731	-0.0041	47.684	31.459	51.213
5	1.9749	1.0062	-1.5932	2.1524	-0.6202	2.057	-0.3026	0.6881	-0.0526	-0.1003	0.2062	0.3533	-0.0357	-0.4542	0.0964	0.1406	-0.0305	-0.0534	0.1199	-0.0912	0.0102	40.52	35.825	46.978
6	2.1602	0.6919	0.2656	1.7734	0.0772	3.7522	-0.1605	0.1055	0.197	-0.0172	0.0468	0.332	-0.3097	-0.3297	0.1137	0.1597	0.0453	-0.018	-0.0264	-0.038	-0.01	41.674	43.927	51.658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	32 - 67	3 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	68 - 149	39 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	150 - 187	121 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	188 - 212	159 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	213 - 229	184 - 200
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	230 - 289	201 - 260

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)