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万見
- PDB-3l57: Crystal Structure of the Plasmid pCU1 TraI Relaxase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l57
タイトルCrystal Structure of the Plasmid pCU1 TraI Relaxase Domain
要素Mobilization protein TraI
キーワードHYDROLASE / TrwC superfamily of relaxase enzymes / conjugative relaxase / Mob class relaxase / conjugal nickase / histidine triad / HUH+H motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / MANGANESE (III) ION / PHOSPHATE ION / TraI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Redinbo, M.R. / Nash, R.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: The mechanism and control of DNA transfer by the conjugative relaxase of resistance plasmid pCU1.
著者: Nash, R.P. / Habibi, S. / Cheng, Y. / Lujan, S.A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mobilization protein TraI
B: Mobilization protein TraI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,91432
ポリマ－67,9042
非ポリマー2,01130
水3,945219
1
A: Mobilization protein TraI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,47323
ポリマ－33,9521
非ポリマー1,52122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mobilization protein TraI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4419
ポリマ－33,9521
非ポリマー4898
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.280, 58.520, 87.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 83.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mobilization protein TraI / TraI


分子量: 33951.863 Da / 分子数: 2 / 断片: Relaxase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pMUR050_047, traI / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9X4G2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物 ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 250mM triNa citrate, 22% PEG 3350, 5mM MgCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月1日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→49.999 Å / Num. all: 22781 / Num. obs: 22081 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.743 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. measured obs: 12219 / Num. unique all: 3362 / Num. unique obs: 3362 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 91.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.29 Å48.49 Å
Translation2.29 Å48.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1omh, Plasmid R388 TrwC Relaxase Domain

1omh


解像度: 2.293→48.492 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.842 / SU ML: 0.08 / Isotropic thermal model: isotropic + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1105 5.01 %Random
Rwork0.173 ---
obs0.176 22077 96.97 %-
all-22781 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.392 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.69 Å2 / Biso mean: 47.255 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å24.495 Å2
2---7.78 Å20 Å2
3---7.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→48.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3244 0 124 219 3587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7244688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6861276
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.293-2.3980.2441320.20324992631249993
2.398-2.5240.2681360.20825922728259297
2.524-2.6820.2921370.20425982735259897
2.682-2.8890.2181380.18526222760262297
2.889-3.180.2451390.17326452784264598
3.18-3.640.241400.16426562796265698
3.64-4.5850.1981390.1426412780264197
4.585-48.5020.2011440.17527192863271998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.0064 Å / Origin y: 32.0627 Å / Origin z: 25.829 Å
111213212223313233
T0.2631 Å2-0.0586 Å2-0.0202 Å2-0.2865 Å20.0247 Å2--0.282 Å2
L1.4207 °2-0.2921 °2-0.3605 °2-1.4745 °20.3136 °2--1.4275 °2
S-0.0539 Å °0.1393 Å °-0.1612 Å °-0.0543 Å °0.003 Å °0.0494 Å °0.1138 Å °0.0289 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 223
3X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 319
5X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 370
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 320
7X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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