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万見
- PDB-2q7t: Crystal Structure of the F plasmid TraI Relaxase Domain with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7t
タイトルCrystal Structure of the F plasmid TraI Relaxase Domain with the Scissile Thymidine Base
要素Protein traI
キーワードHYDROLASE / relaxase / conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Multifunctional conjugation protein TraI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Lujan, S.A. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Disrupting antibiotic resistance propagation by inhibiting the conjugative DNA relaxase.
著者: Lujan, S.A. / Guogas, L.M. / Ragonese, H. / Matson, S.W. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2007年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein traI
B: Protein traI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0755
ポリマ－66,7052
非ポリマー3713
水2,828157
1
A: Protein traI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3772
ポリマ－33,3521
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein traI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6993
ポリマ－33,3521
非ポリマー3472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.888, 88.259, 127.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein traI / DNA helicase I


分子量: 33352.273 Da / 分子数: 2 / 断片: Relaxase Domain (UNP residues 1-300) / 変異: Y16F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: traI / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P14565, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein buffer: 50 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, mother liquor: 75 mM sodium nitrate, 14% w/v PEG 3350, 10 mM spermine, 110 uM oriT DNA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97173 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 20078 / Num. obs: 19657 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.382 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP(CCP4)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1p4d

1p4d


解像度: 2.42→44.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1861715.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1007 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 19657 98.3 %-
all-20078 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.462 Å2 / ksol: 0.343625 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.49 Å20 Å20 Å2
2--14.02 Å20 Å2
3----8.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→44.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 22 157 4321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 172 5.3 %
Rwork0.261 3056 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5pnp.parpnp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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