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万見
- PDB-2q7d: Crystal Structure of Human Inositol 1,3,4-Trisphosphate 5/6-kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7d
タイトルCrystal Structure of Human Inositol 1,3,4-Trisphosphate 5/6-kinase (ITPK1) in complex with AMPPNP and Mn2+
要素Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
キーワードTRANSFERASE / INOSITOL / INOSITOL KINASE / KINASE / ITPK1 / INOSITOL 1 / 3 / 4-5/6-KINASE / PHOSPHATE / INOSITOL PHOSPHATE / INOSITOLPHOSPHATE / POLYPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-3,4,6-trisphosphate 1-kinase activity / inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / neural tube development ...inositol-3,4,6-trisphosphate 1-kinase activity / inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / neural tube development / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / necroptotic process / catalytic activity / isomerase activity / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / hydrolase activity / apical plasma membrane / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11370 / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, N-terminal / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase pre-ATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...Rossmann fold - #11370 / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, N-terminal / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase pre-ATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chamberlain, P.P. / Lesley, S.A. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Integration of inositol phosphate signaling pathways via human ITPK1.
著者: Chamberlain, P.P. / Qian, X. / Stiles, A.R. / Cho, J. / Jones, D.H. / Lesley, S.A. / Grabau, E.A. / Shears, S.B. / Spraggon, G.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
B: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44820
ポリマ－78,0632
非ポリマー2,38518
水12,773709
1
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,32011
ポリマ－39,0311
非ポリマー1,28910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1289
ポリマ－39,0311
非ポリマー1,0968
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area29700 Å2
手法PISA, PQS
4
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子

B: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44820
ポリマ－78,0632
非ポリマー2,38518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area5700 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.157, 94.607, 130.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細MONOMER ESTABLISHED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND STATIC LIGHT SCATTERING

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要素

#1: タンパク質 Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol- triphosphate 5/6-kinase / Inositol 1 / 3 / 4-trisphosphate 5/6-kinase / Ins1 / 3 / 4 / P3 ...Inositol- triphosphate 5/6-kinase / Inositol 1 / 3 / 4-trisphosphate 5/6-kinase / Ins1 / 3 / 4 / P3 / 5/6-kinase


分子量: 39031.348 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITPK1 / プラスミド: MH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q13572, inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na Citrate, 0.2M K/Na Tartrate, 2M (NH4)2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 95421 / Num. obs: 95421 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Selenomethionine derivative partially refined structure

解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.279 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23594 4790 5 %RANDOM
Rwork0.19383 ---
obs0.19593 90414 91.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5363 0 126 709 6198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9797755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.37224.338272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.089151003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3671536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.23027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.37943486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25165571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44852397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.04782164
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 326 -
Rwork0.264 6589 -
obs--91.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1755-0.02470.00850.6426-0.00060.99090.0083-0.00260.0033-0.01750.027-0.02270.03170.002-0.0353-0.05870.0082-0.0042-0.0339-0.0026-0.0243-5.541619.7688-31.9641
20.44390.13630.10110.47570.27120.84230.024-0.0210.0148-0.0187-0.0230.0621-0.0372-0.0737-0.0009-0.03870.01470.0174-0.04310.0022-0.0191-26.267845.6862-12.9513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-7 - 3304 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2BB-3 - 3308 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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