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- PDB-4lop: Structural basis of autoactivation of p38 alpha induced by TAB1 (... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lop | ||||||
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Title | Structural basis of autoactivation of p38 alpha induced by TAB1 (Tetragonal crystal form) | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / protein kinase / kinase-regulatory protein complex / MAPK / autoactivation / autophosphorylation | ||||||
Function / homology | ![]() IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cardiac septum development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation ...IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cardiac septum development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / Ub-specific processing proteases / coronary vasculature development / VEGFA-VEGFR2 Pathway / kinase activator activity / aorta development / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / cellular response to UV-B / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / lung development / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / placenta development / cell morphogenesis / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaikuad, A. / DeNicola, G.F. / Krojer, T. / Allerston, C.K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Marber, M.S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism and consequence of the autoactivation of p38 alpha mitogen-activated protein kinase promoted by TAB1. Authors: De Nicola, G.F. / Martin, E.D. / Chaikuad, A. / Bassi, R. / Clark, J. / Martino, L. / Verma, S. / Sicard, P. / Tata, R. / Atkinson, R.A. / Knapp, S. / Conte, M.R. / Marber, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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Data in CIF | ![]() | 91.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4looC ![]() 4loqC ![]() 3queS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 8 molecules ABCDKLMN
#1: Protein | Mass: 41395.211 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: kinase domain (1-360) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase #2: Protein/peptide | Mass: 3102.515 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 384-412 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic peptide / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 886 molecules ![](data/chem/img/SB4.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-SB4 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Na/K tartrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2012 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.049→86.6 Å / Num. all: 103494 / Num. obs: 103422 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.049→2.16 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 14756 / % possible all: 97.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3QUE Resolution: 2.049→86.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.434 / SU ML: 0.064 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.03 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.418 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.258 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.049→86.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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