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- PDB-2q6w: The structure of HLA-DRA, DRB3*0101 (DR52a) with bound platelet i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q6w
タイトルThe structure of HLA-DRA, DRB3*0101 (DR52a) with bound platelet integrin peptide associated with fetal and neonatal alloimmune thrombocytopenia
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain
  • Integrin beta-3
キーワードIMMUNE SYSTEM / DRB3 / peptide-class II MHC complex / fetal-maternal alloimmune thrombocytopenia / thrombocytopenia purpura / myasthenia gravis / beta 11 arginine / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / tube development / : / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / autolysosome membrane / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / tube development / : / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / autolysosome membrane / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of T-helper cell differentiation / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / MHC class II receptor activity / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / glycinergic synapse / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of bone resorption / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / transport vesicle membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / protein disulfide isomerase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cell-substrate adhesion / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / polysaccharide binding / lamellipodium membrane / positive regulation of bone resorption / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / T cell receptor binding / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / MHC class II antigen presentation / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Integrin beta-3 / HLA class II histocompatibility antigen, DR beta 3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Parry, C.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic Structure of the Human Leukocyte Antigen DRA, DRB3*0101: Models of a Directional Alloimmune Response and Autoimmunity
著者: Parry, C.S. / Gorski, J. / Stern, L.J.
履歴
登録2007年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain
C: Integrin beta-3
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain
F: Integrin beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1226
ポリマ－89,1226
非ポリマー00
水8,773487
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain
C: Integrin beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5613
ポリマ－44,5613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain
F: Integrin beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5613
ポリマ－44,5613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.169, 92.169, 248.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21155.904 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 26-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB3-1 beta chain


分子量: 22102.637 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 30-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P79483
#3: タンパク質・ペプチド Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa / CD61 antigen


分子量: 1302.414 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 50-61 / Mutation: C26R / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05106
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 10-20% PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 10% (v/v) glycerol, 0.01M Cd2+, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 51116 / Num. obs: 48049 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 55.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DLH

1dlh


解像度: 2.25→20.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.91 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26543 3684 7.6 %RANDOM
Rwork0.20984 ---
obs0.214 44561 93.27 %-
all-47777 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6043 0 0 487 6530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0226214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4781.9348463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2665751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67123.257307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37515945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2681546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.24017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.24312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6771.53823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55126107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83432697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6414.52356
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 146 -
Rwork0.264 1757 -
obs--51.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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