PDB-2q64: HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q64

タイトル

HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

要素

PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE / resistance / nelfinavir

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Kozisek, M. / Saskova, K. / Brynda, J. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
著者: Kozisek, M. / Bray, J. / Rezacova, P. / Saskova, K. / Brynda, J. / Pokorna, J. / Mammano, F. / Rulisek, L. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2007年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q64.cif.gz	55.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q64.ent.gz	39.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q64_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q64_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2q64_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	2q64_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pymC 2pynC 2q63C 1u8gS 2qak C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6opy-d 2hc0-d 6dgz-d 2psv-d 4hvp-d 4rvx-1 6pjf-d 6opu-d 1qbs-d 2nxd-d 6dh7-d 6dh4-d 6uwc-d 2nxl-d 3i7e-d 1meu-d 2bpx-d 3gga-1 6oy1-d 6oot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

ヘテロ分子

22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.168, 62.168, 82.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	1 - 99	1 - 99
2	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	1 - 99	1 - 99
1	1	2	1UN	1UN	1UN	1UN	B	C	1001
2	2	2	1UN	1UN	1UN	1UN	B	C	1001

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

the biological assembly is dimer

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10716.655 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-1UN / 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE / NELFINAVIR MESYLATE AG1343 / (3S,4aβ,8aβ)-N-tert-ブチル-2-[(2R,3R)-2-ヒドロキシ-3-(2-メチル-3-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 567.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₅N₃O₄S コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: reservoir solution: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 5.4 or pH 5.5; drops: 2+1ul (protein+reservoir}; protein: 3-5mg/ml 5-fold molar excess of inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 / 詳細: double crystal monochromator
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6313 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 49.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8G

1u8g

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 22.529 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25772	302	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17924	-	-	-
obs	0.1828	5975	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.728 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0.17 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	40	55	1599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	2.04	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.832	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.873	25.185	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.047	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.15	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.892	2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	3	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.912	4.5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	397	tight positional	0.14	0.05
1	1	B	363	medium positional	0.57	0.5
2	1	B	40	medium positional	0.07	0.5
1	2	A	397	tight thermal	0.16	0.5
1	2	B	363	medium thermal	0.26	2
2	2	B	40	medium thermal	0.22	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	25	-
R_work	0.196	430	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3301	4.3114	-0.5794	2.3782	2.2498	16.4566	-0.2598	-0.2342	1.082	-0.1082	-0.0456	0.5215	-0.5395	-0.7372	0.3054	-0.1801	0.0276	-0.0471	-0.027	-0.0585	-0.1072	-18.402	26.272	25.678
2	8.3232	4.5792	0.702	3.2457	0.1181	20.8747	-0.3549	-0.0539	0.9836	-0.3101	0.0595	0.4663	-1.103	-0.2036	0.2954	-0.0802	-0.0271	-0.0821	-0.1784	0.0167	-0.1065	-13.545	29.066	28.088
3	9.475	5.1444	4.0586	5.6469	3.9174	8.0766	0.0763	0.5006	0.0103	-0.1014	0.1654	0.2352	-0.0636	0.0906	-0.2417	-0.1528	0.0035	0.0097	-0.1395	0.0193	-0.187	-20.083	15.991	18.066
4	9.6328	4.9794	4.7642	5.6059	1.5015	6.2525	0.2368	-0.1674	0.276	0.2994	-0.0433	-0.102	0.0576	-0.0035	-0.1935	-0.156	0.0041	0.0158	-0.1211	-0.0147	-0.181	-3.798	25.385	35.698
5	15.1527	-0.9658	5.1446	4.4321	-1.2155	12.2994	0.6382	2.084	-1.809	-0.5672	0.0596	-0.4112	0.7539	0.8879	-0.6978	0.0026	0.0603	-0.0462	0.2239	-0.3267	0.177	-11.566	8.858	12.928
6	5.0687	5.7051	1.7394	13.349	7.7791	12.0792	0.8545	-0.6419	-1.0507	1.5359	-0.11	-1.4165	0.9832	0.1274	-0.7445	0.1751	-0.0321	-0.3053	0.0441	0.1122	0.146	-1.799	14.414	40.843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	86 - 99	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 9	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	86 - 99	86 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	10 - 32	10 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	63 - 85	63 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 32	10 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	63 - 85	63 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 62	33 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	33 - 62	33 - 62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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