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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q5u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IQN17 | ||||||
![]() | Fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / envelope glycoprotein / coiled coil / viral protein/viral protein inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Eckert, D.M. / Hong, L.H. / Kim, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibiting HIV Entry: Discovery of D-Peptide Inhibitors that Target the Gp41 Coiled-Coil Pocket 著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of GCN4-Piqi, a Trimeric Coiled-Coil with Buried Polar Residues. 著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S. #2: ![]() タイトル: Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein 著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Unit cell contains biological assembly, trimer |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5468.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic Peptide. The sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae and human immunodeficiency virus. 参照: UniProt: A3F986 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 21% PEG4000, 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日 / 詳細: X4A |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 24434 / Num. obs: 24434 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2221 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1CZQ 解像度: 1.5→18.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.688 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.499→1.537 Å / Total num. of bins used: 20
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