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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q5b | ||||||
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タイトル | High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum | ||||||
要素 | Plastocyanin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Plastocyanin / Photosystem 1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phormidium laminosum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Fromme, R. / Bukhman-DeRuyter, Y.S. / Grotjohann, I. / Mi, H. / Fromme, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Plastocyanin at high resolution from Phormidium laminosum and the double mutant D44A, D45A 著者: Bukhman-DeRuyter, Y.S. / Fromme, R. / Grotjohann, I. / Schlarb-Ridley, B. / Mi, H. / Fromme, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q5b.cif.gz | 142 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q5b.ent.gz | 111.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2q5b_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2q5b_full_validation.pdf.gz | 455.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2q5b_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2q5b_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bawS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit is the monomer. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 11431.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phormidium laminosum (バクテリア) 遺伝子: petE / プラスミド: pET11Pc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q51883 |
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-非ポリマー , 5種, 281分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→42.11 Å / Num. all: 57906 / Num. obs: 57906 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BAW 解像度: 1.45→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.541 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.07 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.719 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→9.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.452→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
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