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- PDB-2q5b: High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q5b
タイトルHigh resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum
要素Plastocyanin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Plastocyanin / Photosystem 1
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / : / Plastocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Phormidium laminosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Fromme, R. / Bukhman-DeRuyter, Y.S. / Grotjohann, I. / Mi, H. / Fromme, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Plastocyanin at high resolution from Phormidium laminosum and the double mutant D44A, D45A
著者: Bukhman-DeRuyter, Y.S. / Fromme, R. / Grotjohann, I. / Schlarb-Ridley, B. / Mi, H. / Fromme, P.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastocyanin
B: Plastocyanin
C: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,00216
ポリマ－34,2953
非ポリマー70713
水4,828268
1
A: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6986
ポリマ－11,4321
非ポリマー2665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6004
ポリマ－11,4321
非ポリマー1683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
3
C: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7046
ポリマ－11,4321
非ポリマー2735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
5
C: Plastocyanin
ヘテロ分子

A: Plastocyanin
ヘテロ分子

B: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,00216
ポリマ－34,2953
非ポリマー70713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y+1/2,-z-1/41
crystal symmetry operation8_564-y,-x+1,-z-1/21
Buried area2530 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.329, 84.329, 90.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-534-

HOH

詳細The biological unit is the monomer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Plastocyanin


分子量: 11431.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phormidium laminosum (バクテリア)
遺伝子: petE / プラスミド: pET11Pc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q51883

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非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→42.11 Å / Num. all: 57906 / Num. obs: 57906 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BAW

1baw


解像度: 1.45→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.541 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.07
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21017 2920 5.1 %RANDOM
Rwork0.18972 ---
obs0.19075 54607 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2415 0 16 268 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9583402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9745314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.23125.143105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50215391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.742153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.060.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7750.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0440.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.51575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48622548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2073938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1244.5853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.72332513
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.7393302
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.13832432
LS精密化 シェル解像度: 1.452→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 190 -
Rwork0.279 3615 -
obs--92.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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