[日本語] English
万見
- PDB-2q4f: Ensemble refinement of the crystal structure of putative histidin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q4f
タイトルEnsemble refinement of the crystal structure of putative histidine-containing phosphotransfer protein from rice, Ak104879
要素Histidine-containing phosphotransfer protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ensemble Refinement / Refinement Methodology Development / AK104879 / PHOSPHORELAY MEDIATOR / HP1 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine-containing phosphotransfer protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / Re-refinement using ensemble model / 解像度: 2 Å
データ登録者Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
著者: Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
B: Histidine-containing phosphotransfer protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5622
ポリマ－33,5622
非ポリマー00
水5,747319
1
A: Histidine-containing phosphotransfer protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7811
ポリマ－16,7811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidine-containing phosphotransfer protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7811
ポリマ－16,7811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.558, 100.558, 69.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
モデル数8

-
要素

#1: タンパク質 Histidine-containing phosphotransfer protein 1 / OsHP1


分子量: 16780.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 株: cv. Japonica
遺伝子: HP1, AK104879, Os09g0567400, LOC_Os09g39400, OJ1155_H10.30
プラスミド: PVP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) P(LACI+RARE) / 参照: UniProt: Q6VAK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1YVI.

-
データ収集

検出器タイプ: APS-1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: Re-refinement using ensemble model
開始モデル: PDB entry 1YVI

1yvi


解像度: 2→37.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2337234.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: maximum likelihood using amplitudes
詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 1yvi and the first data set in the deposited structure factor file for 1yvi ...詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 1yvi and the first data set in the deposited structure factor file for 1yvi along with the R-free set defined therein. The coordinates were generated by an automated protocol from an initial model consisting of 8 identical copies of the protein and non-water hetero-atoms assigned fractional occupancies adding up to one, and a single copy of the solvent molecules. Refinement was carried out with all the conformers present simultaneously and with the potential energy terms corresponding to interactions between the different conformers excluded. The helix and sheet records were calculated using coordinates from the first conformer only. The structure visualization program PYMOL is well-suited for directly viewing the ensemble model presented in this PDB file.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1248 5.1 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.145 24416 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.656 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 0 319 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.082.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.130.2571954.90.15538140.0184031400999.5
2.13-2.290.2442115.20.13238270.0174050403899.7
2.29-2.520.2232135.30.13338390.0154062405299.7
2.52-2.880.2472085.10.15438550.0174076406399.7
2.88-3.630.2072225.50.14638470.0144126406998.6
3.63-37.770.2011994.80.14639860.0144337418596.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る