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- PDB-2q3y: Ancestral Corticiod Receptor in Complex with DOC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3y
タイトルAncestral Corticiod Receptor in Complex with DOC
要素
  • Ancestral Corticiod Receptor
  • Nuclear receptor 0B2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / mineralocoticiod / Ligand Binding Domain / DOC / cortisol / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / response to glucose / Notch signaling pathway / cholesterol metabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / response to glucose / Notch signaling pathway / cholesterol metabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / : / positive regulation of insulin secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DESOXYCORTICOSTERONE / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ortlund, E.A. / Bridgham, J.T. / Redinbo, M.R. / Thornton, J.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of an ancient protein: evolution by conformational epistasis
著者: Ortlund, E.A. / Bridgham, J.T. / Redinbo, M.R. / Thornton, J.W.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999Sequence No suitable database reference was found for Chain A at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Corticiod Receptor
B: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4064
ポリマ－29,9842
非ポリマー4232
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.995, 78.995, 112.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ancestral Corticiod Receptor


分子量: 28936.465 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain / 変異: C71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: PMALCH10T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 plysS
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor 0B2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1047.246 Da / 分子数: 1 / 断片: hSHP NR Box1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物 ChemComp-1CA / DESOXYCORTICOSTERONE / 4-PREGNEN-21-OL-3,20-DIONE / DOC / 21-HYDROXYPROGESTERONE / デオキシコルチコステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 14543 / Num. obs: 14500 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 23.58
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 1404 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AncCR

解像度: 2.4→37.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 118702.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 980 7 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 14036 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.0596 Å2 / ksol: 0.342134 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.09 Å20 Å20 Å2
2---6.09 Å20 Å2
3---12.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 30 101 2196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 161 7.4 %
Rwork0.241 2028 -
obs--92.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4DOC.parDOC.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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