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- PDB-2q2n: Crystal structure of Bacillus subtilis ferrochelatase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2n
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis ferrochelatase in complex with deuteroporphyrin IX 2,4-disulfonic acid dihydrochloride
要素Ferrochelatase
キーワードTRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / PI-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / heme biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature. / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX 2,4-DISULFONIC ACID / Coproporphyrin III ferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorvaldsen, O.H. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Porphyrin binding and distortion and substrate specificity in the ferrochelatase reaction: the role of active site residues
著者: Karlberg, T. / Hansson, M.D. / Yengo, R.K. / Johansson, R. / Thorvaldsen, O.H. / Ferreira, G.C. / Hansson, M. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9804
ポリマ－35,2591
非ポリマー7213
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.300, 49.900, 118.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Ferrochelatase / E.C.4.99.1.1 / Protoheme ferro-lyase / Heme synthetase


分子量: 35258.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: hemH, hemF / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32396, EC: 4.99.1.1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-H01 / PROTOPORPHYRIN IX 2,4-DISULFONIC ACID / 3,3'-(3,7,12,17-TETRAMETHYL-8,13-DISULFO-22,24-DIHYDROPORPHYRIN-2,18-DIYL)DIPROPANOIC ACID


分子量: 672.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32N4O10S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 2000, 0.1M Tris/HCl pH 8, 0.2M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月13日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→29.553 Å / Num. obs: 25719 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 5.5 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 21.72
反射 シェル解像度: 1.76→2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.55 / Num. unique all: 7021 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C1H

1c1h


解像度: 1.8→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.364 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1281 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 25617 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 0 48 269 2803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9923579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2015310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32924.844128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53115437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.51593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.222504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05531191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0424.51068
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 95 -
Rwork0.266 1814 -
obs-1909 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1191-0.9519-0.02983.6725-0.58090.4088-0.0019-0.0461-0.0158-0.1920.05860.06050.0804-0.0056-0.0567-0.0592-0.027-0.0499-0.06590.0263-0.063113.5922-13.826514.573
20.66340.1687-0.01222.1659-0.3650.8558-0.00170.0230.1032-0.14850.09890.2313-0.0522-0.0759-0.0971-0.0499-0.0111-0.0503-0.07480.0276-0.029310.17911.817210.2829
37.3249-3.53050.92044.01881.43281.63520.64040.60970.123-0.5152-0.1602-1.0228-0.7667-0.7121-0.48020.0274-0.00080.02840.0184-0.07330.056827.0581-4.63930.1297
457.1952-4.05578.7210.2876-0.61841.3298-0.20931.45571.2015-0.93230.6915-0.32920.72650.8554-0.48220.029-0.04-0.03210.0175-0.01940.00722.82785.52475.3556
50.63090.1115-0.14411.1912-0.21790.5882-0.0140.00810.0053-0.06270.0220.03510.0387-0.0172-0.008-0.0298-0.0138-0.0543-0.00440.0212-0.043717.3116-6.225314.2864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A103 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2A170 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3A9001
4X-RAY DIFFRACTION4A1000
5X-RAY DIFFRACTION5A9014 - 9270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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