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- PDB-2q0l: Helicobacter pylori thioredoxin reductase reduced by sodium dithi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q0l
タイトルHelicobacter pylori thioredoxin reductase reduced by sodium dithionite in complex with NADP+
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / bacterial thiredoxin reductase / Helicobacter pylori / NADP+ binding / reduced izoalloxazine bending
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sandalova, T. / Gustafsson, T. / Lu, J. / Holmgren, A. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: High-resolution structures of oxidized and reduced thioredoxin reductase from Helicobacter pylori.
著者: Gustafsson, T.N. / Sandalova, T. / Lu, J. / Holmgren, A. / Schneider, G.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2126
ポリマ－67,1552
非ポリマー3,0584
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.451, 99.455, 64.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase / TRXR


分子量: 33577.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: trxB / プラスミド: pPROK/TR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P56431, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22% PEG 3350, 0.1M MIB pH 6.0, 8mM pentaethylene glycol monooctyl ether, EVAPORATION, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→64.15 Å / Num. all: 105645 / Num. obs: 105645 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.532.80.193.631734113700.1969.7
1.53-1.623.30.1524.547867143880.15293.4
1.62-1.733.70.116.353524144270.1199.9
1.73-1.873.70.0739.550092135170.07399.9
1.87-2.053.70.05312.845927123720.053100
2.05-2.293.70.04315.141676112580.043100
2.29-2.653.70.04313.53651299310.04399.9
2.65-3.243.60.05310.13022783530.05399.8
3.24-4.593.20.0518.92098264760.05199.3
4.59-64.153.20.0656.21150935530.06598.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.45→64.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.032 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 5277 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.168 105611 --
obs0.168 105611 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.07 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→64.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 202 530 5440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4952.0076966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8283.0048214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0645652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87824.952208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72115850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.871518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2948
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.23612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22567
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1430.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2241.54075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3351.51309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43324997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16932415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.794.51954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.155310521
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.1773530
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.9438380
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 281 -
Rwork0.152 5046 -
obs-5327 64.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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