PDB-2q0k: Oxidized thioredoxin reductase from Helicobacter pylori in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q0k

タイトル

Oxidized thioredoxin reductase from Helicobacter pylori in complex with NADP+

要素

Thioredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bacterial thioredoxin reductase / Helicobacter pylori / NADP+ binding

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sandalova, T. / Gustafsson, T. / Lu, J. / Holmgren, A. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: High-resolution structures of oxidized and reduced thioredoxin reductase from Helicobacter pylori.
著者: Gustafsson, T.N. / Sandalova, T. / Lu, J. / Holmgren, A. / Schneider, G.

履歴

登録	2007年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q0k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2q0lC 1tdeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ish-1 3ish-2 1trb-1 5mh4-1 5mis-1 3d8x-d 5utx-d 5m5j-d 5miq-1 1vdc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase

B: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.128, 99.195, 64.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 310 / Label seq-ID: 1 - 310

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

The biological assembly is a dimer

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase / TRXR 分子量: 33577.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: trxB / プラスミド: pPROK/TR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56431, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M MIB pH 6.0, 8mM pentaethylene glycol monooctyl ether, EVAPORATION, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射	モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→63.5 Å / Num. all: 66999 / Num. obs: 66999 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.429 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TDE

1tde

解像度: 1.7→63.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.202 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22605	3364	5 %	RANDOM
R_work	0.18834	-	-	-
obs	0.19024	63605	98.32 %	-
all	-	66969	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0.91 Å²
2-	-	-2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→63.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4688	0	202	357	5247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	2.011	6782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.858	3.005	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.378	5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.254	24.848	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.722	15	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.184	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.186	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.814	1.5	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.226	1.5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.984	2	4878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.746	3	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.306	4.5	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1816	medium positional	0.4	0.5
2146	loose positional	0.72	5
1816	medium thermal	1.43	2
2146	loose thermal	1.7	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	217	-
R_work	0.248	4012	-
obs	-	-	84.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.382	-0.3847	-0.3602	5.4322	-1.1019	1.772	-0.0453	0.1418	0.196	-0.4638	0.1773	0.6224	0.0788	-0.1491	-0.1319	-0.028	-0.057	-0.1589	0.0776	0.0454	-0.1297	2.94	-5.681	11.444
2	3.6457	3.9778	-0.3534	14.4315	0.6737	4.6979	-0.1346	0.0772	0.1881	-0.6267	0.2828	0.8388	-0.0846	-0.3598	-0.1482	-0.0841	-0.0404	-0.2153	0.0907	0.0701	-0.1433	0.643	-5.492	8.087
3	4.7791	0.9539	-0.9932	4.8901	1.0334	2.3072	-0.006	0.0166	0.1979	0.0332	-0.0358	0.6162	-0.0218	-0.1478	0.0418	-0.13	0.0086	-0.0515	0.0488	0.0382	0.0273	-4.105	-0.799	29.579
4	2.1001	-0.3897	0.0682	2.067	1.0569	1.5096	-0.036	0.2836	0.1968	-0.3914	0.0708	0.7076	-0.0705	-0.5099	-0.0348	-0.0643	-0.0232	-0.1706	0.1182	0.1013	0.0508	-5.102	-0.218	14.975
5	2.1901	1.6976	-0.0749	5.2375	-0.7559	4.9748	-0.2422	0.2762	-0.1012	-0.9523	0.3174	0.4433	0.2289	-0.1715	-0.0752	0.1192	-0.0733	-0.192	0.0544	0.0062	-0.1568	3.029	-17.984	8.016
6	2.0809	0.1066	0.1617	2.4962	0.137	1.989	0.0451	0.1209	0.2687	-0.0363	0.0273	0.2499	0.007	-0.0621	-0.0724	-0.0459	-0.0288	-0.0228	0.0273	0.0226	-0.1198	-2.117	-12.46	41.215
7	3.9808	-0.3464	0.0638	2.4514	-0.0049	1.8064	0.0502	-0.2246	0.1151	0.2106	0.0323	0.1096	0.1067	0.1	-0.0825	-0.0437	-0.017	-0.0258	-0.0001	-0.028	-0.2018	3.174	-17.807	49.301
8	4.8196	0.8792	-1.5661	2.7139	0.0217	2.3344	0.0847	-0.3014	0.0167	0.1238	-0.0405	0.1391	0.1557	-0.0508	-0.0442	-0.0238	-0.0298	-0.0505	0.0164	0.0049	-0.1503	-3.363	-19.845	48.549
9	5.7582	2.1939	-2.8288	6.9247	-1.0394	5.9023	-0.4423	0.047	-0.6389	-0.441	0.3268	-0.0137	0.9069	0.0725	0.1155	0.1482	0.0122	-0.0628	0.0051	-0.017	-0.115	9.309	-24.497	15.656
10	1.159	-0.0757	-0.2587	2.9463	-0.1422	1.6731	-0.0321	0.0039	0.0264	-0.1835	0.1396	-0.0929	0.1149	0.1613	-0.1076	-0.0364	-0.0118	-0.0713	0.0626	-0.0153	-0.1165	12.928	-9.398	17.88
11	0.179	0.4118	1.2494	8.3057	4.9696	9.3175	0.0005	-0.0328	0.1783	0.1683	-0.041	0.6017	0.4459	-0.4601	0.0405	-0.0396	-0.0406	-0.0364	0.0907	0.0099	-0.0168	0.162	-10.123	25.282
12	10.0051	4.9935	1.9293	16.9819	2.2562	6.4836	-0.6829	0.6391	-0.8078	-1.0986	0.5704	-1.72	-0.051	0.8744	0.1125	0.2464	-0.0456	0.005	0.2399	-0.0431	-0.0489	8.086	-22.739	37.945
13	2.1275	0.9289	0.1408	1.4375	-0.6322	2.036	0.0685	-0.0918	0.3677	0.2451	-0.0542	0.2331	-0.1097	-0.105	-0.0143	-0.0341	0.0094	-0.0354	0.0275	-0.0341	-0.0491	13.713	9.504	36.646
14	1.6884	0.1771	0.4791	1.3517	-0.1738	2.0259	-0.0145	-0.0261	0.3844	0.0144	0.0499	0.2674	-0.1862	-0.1979	-0.0354	-0.104	0.0334	-0.0388	0.0139	0.0217	0.0632	4.147	12.776	27.498
15	2.4985	1.0143	0.1799	3.3886	-0.8448	3.2805	0.1497	-0.0928	0.1808	0.352	-0.0978	-0.1464	-0.1371	0.1518	-0.0519	-0.0667	-0.0125	-0.0672	0.0202	-0.0284	-0.0846	26.05	11.839	38.53
16	5.5271	4.1012	2.0961	5.3734	1.7125	2.4784	0.2731	-0.6849	0.1667	0.1962	-0.4581	0.5728	0.1657	-0.4946	0.185	-0.0474	-0.0208	-0.0897	0.1905	0.0355	-0.1208	12.073	18.266	6.806
17	6.8199	-0.0464	2.2408	6.8638	-1.6827	6.7314	0.4254	-0.1449	-1.2253	-0.3169	0.1289	-0.0577	0.6845	-0.2041	-0.5543	-0.0223	-0.0521	-0.1433	0.0346	0.0684	-0.0123	17.836	9.96	-0.115
18	13.7705	2.1245	-0.8475	5.7408	0.2503	6.8767	0.141	0.3685	-2.403	-0.2346	0.3527	-0.9647	1.0833	1.2454	-0.4937	0.2232	0.1298	-0.0889	0.1781	-0.0713	0.4073	27.044	7.265	-2.497
19	6.2209	0.6948	1.9887	9.6243	7.2456	11.8023	-0.3202	0.0909	0.3397	-1.0155	-0.1999	0.2737	-1.1816	-0.3943	0.5201	0.0185	0.0095	-0.173	0.0389	0.0728	-0.2494	18.03	23.141	-2.09
20	2.3992	-0.4272	3.295	4.3415	-1.8406	12.9058	-0.1941	0.1124	-0.0038	-0.2528	-0.4357	-0.1921	-0.7386	0.3799	0.6298	-0.0452	-0.0427	-0.131	0.0922	0.0634	-0.2044	19.953	20.715	-0.331
21	6.5603	0.1852	1.4752	2.6201	-0.5409	0.7059	-0.0501	0.2442	0.2394	-0.2497	0.0538	-0.4935	0.0092	0.0854	-0.0037	-0.1238	-0.0224	-0.0307	0.0844	-0.0176	-0.0021	33.39	9.408	30.06
22	1.7298	0.613	0.4914	1.7325	0.1288	1.3917	0.0621	0.125	-0.0881	-0.0132	0.0401	-0.0852	0.1088	0.1329	-0.1022	-0.0671	0.0116	-0.0567	0.0524	-0.0288	-0.0707	20.58	0.402	28.259
23	3.7217	1.9574	5.9538	2.7943	1.6888	10.7036	-0.0849	0.2093	0.7057	0.0353	0.013	0.2203	-0.1518	0.1933	0.072	-0.0967	0.0017	-0.0713	0.0674	0.0466	0.0555	15.111	13.1	23.034
24	26.2018	-0.3733	4.7859	0.3595	1.5486	8.2541	0.6618	-1.2703	-3.622	0.3024	0.1771	-1.4388	1.203	0.3812	-0.8389	0.2882	0.0258	-0.2102	0.3439	0.2181	0.5361	28.101	11.073	8.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 21	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	22 - 33	22 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	34 - 59	34 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	60 - 77	60 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	78 - 114	78 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	115 - 157	115 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	158 - 218	158 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	219 - 239	219 - 239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	240 - 256	240 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	258 - 310	258 - 310
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	C	400
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	D	401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	1 - 39	1 - 39
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	40 - 77	40 - 77
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	78 - 114	78 - 114
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	115 - 148	115 - 148
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	149 - 173	149 - 173
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	174 - 193	174 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	194 - 218	194 - 218
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	219 - 240	219 - 240
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	241 - 256	241 - 256
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	257 - 310	257 - 310
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	E	400
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	F	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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