PDB-2pzm: Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmG in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pzm

タイトル

Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmG in complex with NAD and UDP

要素

Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD / PROTEIN-NAD COMPLEX / PROTEIN-NUCLEOTIDE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Maskell, D. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Predicting protein function from structure--the roles of short-chain dehydrogenase/reductase enzymes in Bordetella O-antigen biosynthesis.
著者: King, J.D. / Harmer, N.J. / Preston, A. / Palmer, C.M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Blundell, T.L. / Maskell, D.J.

履歴

登録	2007年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pzm.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pzm.ent.gz	119.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pzm_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pzm_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2pzm_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	2pzm_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pzm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pzjC 2pzkSC 2pzlC 2q1sC 2q1tC 2q1uC 2q1wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ygr-1 2pzl-d 3es8-2 7m0k-2 7b35-d 4mui-d 1ygu-1 5xtl-d 5wu3-1 1ek5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

B: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

ヘテロ分子

73 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.214, 140.481, 184.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-834- HOH

詳細

The biological unit is a dimer, made up of chains A and B.

#1: タンパク質	Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase 分子量: 35287.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 遺伝子: BbLPS1.15, wbmG / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O87988
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.6 M (NH4)2SO4, 2 % (v/v) PEG 400, 10 mM UDP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 51224 / Num. obs: 51158 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PZK

2pzk

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / SU B: 5.135 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTHERMAL WITH TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	2591	-	RANDOM
R_work	0.1708	-	-	-
obs	0.1708	51115	99.68 %	-
all	-	51224	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4685	0	136	473	5294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.995	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.305	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.944	23.968	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.805	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.188	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.75	1.5	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.175	2	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.867	3	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.651	4.5	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.224	3666	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	97.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.095	3.5464	2.772	26.7813	-24.4796	25.7793	0.8782	-0.391	0.3171	0.9674	-0.5387	-0.8635	0.8716	-0.0361	-0.3396	0.3186	-0.1965	-0.1001	-0.1202	-0.0263	-0.0248	-12.0569	34.0641	-2.9728
2	0.7617	0.675	0.281	2.8939	-1.8921	2.1005	0.0867	0.0145	0.0924	0.2445	-0.0765	0.3271	0.2963	-0.0011	-0.0102	0.1426	-0.1281	0.0509	-0.0303	-0.0255	-0.002	-15.5658	44.7435	-14.465
3	1.4057	0.9736	-0.3528	4.775	-1.7733	0.6586	0.133	-0.118	0.0587	0.3197	-0.0911	0.2689	0.2126	-0.1838	-0.0419	0.1353	-0.1416	0.0451	0.0153	-0.0302	-0.0132	-19.3803	46.5408	-12.2438
4	7.8876	3.0061	-6.1859	13.8993	-6.608	6.2679	-0.2877	0.1023	0.2271	-0.035	0.2872	0.4875	0.1048	-0.556	0.0005	-0.018	-0.201	0.0412	0.0555	-0.0377	0.0624	-26.7762	48.2686	-18.3406
5	1.9838	-0.8484	0.0223	3.1672	-0.6493	1.8679	0.1184	-0.2121	0.279	0.3343	-0.1145	0.6464	0.0521	-0.1301	-0.0039	0.035	-0.1324	0.1498	0.0338	-0.0297	0.0127	-20.4312	55.5843	-9.3534
6	9.4154	-5.3255	1.2812	14.809	-5.3991	13.5041	-0.2074	-0.7973	0.6973	0.8275	0.3945	-0.0787	0.1535	-0.4259	-0.1871	0.1039	-0.1034	0.0743	0.0924	-0.0313	-0.062	-15.3047	52.8258	-1.5728
7	0.5894	0.4141	-0.2612	0.9134	0.0336	1.0158	0.1092	-0.0239	0.1249	0.0452	-0.056	0.114	0.2009	0.084	-0.0531	0.0459	-0.0745	0.0276	-0.0023	-0.0152	0.0027	-7.1776	57.6095	-19.7214
8	1.3407	-1.1446	0.6886	1.9588	-0.5765	0.9371	0.1386	0.0462	0.0438	-0.0779	0.0232	0.0489	0.1463	0.1328	-0.1618	0.0612	-0.0557	0.0385	0.0068	-0.0484	0.0354	-1.4783	60.8898	-24.676
9	10.6308	-0.9829	0.4714	8.6578	-7.7937	7.5829	0.1393	-0.1913	-0.0998	0.169	-0.014	-0.2429	0.064	-0.1798	-0.1253	0.1184	-0.0969	0.0109	-0.0031	-0.0283	-0.044	0.2389	56.7486	-9.5617
10	0.8073	0.1858	-0.8353	0.0427	-0.1922	0.8642	-0.0071	0.2269	0.0694	0.0715	0.1086	-0.0805	0.3447	-0.1658	-0.1015	0.1213	-0.1049	0.027	0.0499	0.0278	-0.0211	-11.4504	47.5249	-28.9884
11	5.1587	6.3897	-8.3619	10.7912	-4.7634	24.4304	0.2486	0.3566	0.4513	0.0626	0.0621	0.4297	0.3579	-2.2499	-0.3108	-0.0163	-0.3306	-0.0535	0.5409	0.1435	-0.0946	-23.7144	44.2536	-44.9326
12	28.7101	13.3538	5.3941	13.8728	9.3973	21.0162	-0.503	-1.0401	1.7218	-0.4789	0.0924	1.4801	0.3506	-2.6819	0.4106	-0.0554	-0.1231	-0.0105	0.5371	0.1085	0.0122	-19.5276	50.8918	-48.4728
13	1.3642	0.0901	-0.6003	0.2626	-0.6507	3.8286	-0.0268	0.1481	-0.1916	-0.0463	0.0047	-0.093	0.6231	-0.0001	0.0221	0.1577	-0.0555	0.0395	-0.0721	-0.027	-0.0388	-6.1832	43.3065	-26.9812
14	4.8314	4.831	-0.681	27.6285	-1.648	3.246	0.1876	-0.6172	-0.1664	0.0725	-0.09	-0.4627	0.7217	0.8652	-0.0975	0.2152	0.1107	-0.0583	-0.0004	0.0104	-0.1205	2.7071	43.4148	-11.1693
15	2.3677	0.8444	1.9437	0.882	0.4607	7.5337	-0.0023	0.2194	-0.2411	-0.1367	0.1904	-0.2649	0.6892	-0.0157	-0.1882	0.1435	-0.0509	0.0351	-0.005	-0.0274	-0.0905	-4.4475	44.3682	-37.2705
16	25.2813	12.9987	-8.5143	19.8723	-21.5884	25.3264	0.6532	1.2599	-0.2214	0.9354	-0.9054	0.565	1.1099	-0.5728	0.2522	0.3106	-0.2266	0.022	0.143	-0.087	-0.2561	-17.7307	36.8773	-45.678
17	15.4572	25.6929	-9.577	43.2228	-11.9934	35.7964	1.3426	0.023	0.8675	0.0142	-0.8888	3.2501	0.965	-0.4428	-0.4538	0.2304	-0.2749	-0.158	0.4345	0.0324	0.0929	-18.5885	43.7934	-55.8829
18	0.9003	0.8685	0.6704	0.9193	0.8959	9.7514	-0.1036	0.0398	0.4928	0.1876	-0.0986	0.0622	-0.2309	-0.5456	0.2022	0.0216	-0.0191	0.016	0.0858	0.0011	-0.0302	-6.3921	56.4287	-44.3306
19	5.0746	-3.3813	-1.831	9.0095	-10.808	22.0734	-0.2115	0.3207	-0.1946	-0.0926	-0.0806	-0.583	0.3882	0.9011	0.2921	0.1029	0.0279	0.0036	-0.0408	-0.0742	-0.011	4.6397	44.5243	-27.4839
20	4.2819	0.8041	-0.8718	1.8167	-0.3647	2.4595	-0.3898	0.3806	0.0154	-0.0264	0.2495	0.0704	0.8559	-0.2973	0.1403	0.2127	-0.1584	0.0226	-0.1268	-0.0361	-0.1279	-15.1382	38.633	-28.8222
21	9.5996	-7.6852	20.6968	36.6996	-22.9888	45.9717	-1.5483	1.448	-0.6416	-2.1825	-0.8436	1.9868	-0.5315	-0.8447	2.3918	0.2767	-0.2192	-0.1085	-0.0473	-0.0014	0.2013	-1.6684	103.7993	-32.8211
22	0.4503	1.302	-0.0683	3.8418	-0.3586	0.3482	-0.0233	-0.0708	0.2366	0.0792	-0.0802	0.2416	-0.2092	0.1389	0.1036	0.0801	-0.1228	0.0196	-0.0365	0.0055	0.0681	0.5656	92.8613	-20.5025
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39	5.89	-6.4688	6.5488	10.6719	-11.639	16.6217	0.1772	0.5265	-0.1965	-0.6298	-0.2951	-0.5439	0.2999	1.0075	0.118	-0.0374	-0.169	0.1092	0.0853	-0.0167	0.0189	16.4329	77.0507	-29.6539
40	2.3265	0.6319	0.1822	2.5404	1.4914	2.6416	-0.0048	0.0885	0.3568	0.1076	0.0449	-0.3043	-0.4341	0.3672	-0.0401	0.0021	-0.1914	-0.0292	-0.0087	0.0803	0.0334	15.9545	92.4743	-14.6231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 34
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	35 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	45 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	70 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	130 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	151 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	157 - 179
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	180 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	187 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	192 - 213
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	214 - 219
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	220 - 237
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	238 - 243
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	244 - 249
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	250 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	264 - 271
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	272 - 308
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	-6 - -1
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	0 - 20
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	21 - 33
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	34 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	40 - 59
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	60 - 64
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	65 - 82
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	83 - 94
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	95 - 127
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	128 - 150
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	151 - 156
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	157 - 178
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	179 - 182
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	183 - 195
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	196 - 203
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	204 - 222
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	223 - 241
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	242 - 260
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	261 - 273
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	274 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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