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万見
- PDB-2pwt: Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pwt
タイトルCrystal structure of the bacterial ribosomal decoding site complexed with aminoglycoside containing the L-HABA group
要素22-mer of the ribosomal decoding site
キーワードRNA/ANTIBIOTIC / aminoglycoside / haba group / ribosomal decoding site / X-ray analysis / RNA / RNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性DOUBLY FUNCTIONALIZED PAROMOMYCIN PM-II-162 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kondo, J. / Pachamuthu, K. / Francois, B. / Szychowski, J. / Hanessian, S. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Bacterial Ribosomal Decoding Site Complexed with a Synthetic Doubly Functionalized Paromomycin Derivative: a New Specific Binding Mode to an A-Minor Motif ...タイトル: Crystal Structure of the Bacterial Ribosomal Decoding Site Complexed with a Synthetic Doubly Functionalized Paromomycin Derivative: a New Specific Binding Mode to an A-Minor Motif Enhances in vitro Antibacterial Activity
著者: Kondo, J. / Pachamuthu, K. / Francois, B. / Szychowski, J. / Hanessian, S. / Westhof, E.
履歴
登録2007年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_molecule_features / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 22-mer of the ribosomal decoding site
B: 22-mer of the ribosomal decoding site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0785
ポリマ－13,4862
非ポリマー2,5923
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.490, 43.020, 98.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 22-mer of the ribosomal decoding site


分子量: 6743.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-LHA / DOUBLY FUNCTIONALIZED PAROMOMYCIN PM-II-162 / (2S)-4-AMINO-N-[(1R,2S,3R,4R,5S)-5-AMINO-4-[(2-AMINO-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY]-3-{[3-O-(2,6-DIAMINO-2,6-DIDEO XY-BETA-L-IDOPYRANOSYL)-2-O-{2-[(2-PHENYLETHYL)AMINO]ETHYL}-BETA-D-RIBOFURANOSYL]OXY}-2-HYDROXYCYCLOHEXYL]-2-HYDROXYBUTA NAMIDE


分子量: 863.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H65N7O16
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50 mM Na Cacodylate (pH 6.4), 150 mM KCl, 1% Glycerol, 1% 2-methyl-2,4-pentandiol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3Glycerol11
4sodium Cacodylate11
5MPD12
6KCl12
7Glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.4 Å / Num. obs: 14605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J7T

1j7t


解像度: 1.8→32 Å / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: Parkinson et al Acta Cryst. D52, 57 (1996)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2272 15.5 %random
Rwork0.211 ---
obs-14603 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 38.111 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 37.822 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.204 Å20 Å20 Å2
2--2.918 Å20 Å2
3----0.714 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 900 180 206 1286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3LHA_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION4LHA_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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