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- PDB-2pvs: Structure of human pancreatic lipase related protein 2 mutant N336Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvs
タイトルStructure of human pancreatic lipase related protein 2 mutant N336Q
要素Pancreatic lipase-related protein 2
キーワードHYDROLASE / Lipase / galacto lipids hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


galactolipase / galactolipid catabolic process / galactolipase activity / 1-18:1-2-16:0-monogalactosyldiacylglycerol lipase activity / Digestion of dietary lipid / lipid digestion / triglyceride catabolic process / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / zymogen granule membrane ...galactolipase / galactolipid catabolic process / galactolipase activity / 1-18:1-2-16:0-monogalactosyldiacylglycerol lipase activity / Digestion of dietary lipid / lipid digestion / triglyceride catabolic process / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / zymogen granule membrane / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / triglyceride metabolic process / neuron projection / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic lipase / Lipase, LIPH-type / Lipase, N-terminal / Triacylglycerol lipase family / Lipase / Lipase / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain ...Pancreatic lipase / Lipase, LIPH-type / Lipase, N-terminal / Triacylglycerol lipase family / Lipase / Lipase / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic lipase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Spinelli, S. / Eydoux, C. / Carriere, F. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of human pancreatic lipase-related protein 2 with the lid in an open conformation.
著者: Eydoux, C. / Spinelli, S. / Davis, T.L. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Dhe-Paganon, S. / De Caro, A. / Cambillau, C. / Carriere, F.
履歴
登録2007年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pancreatic lipase-related protein 2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,20912
ポリマ－100,3602
非ポリマー84910
水1,20767
1
A: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7017
ポリマ－50,1801
非ポリマー5206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5085
ポリマ－50,1801
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Pancreatic lipase-related protein 2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子

A: Pancreatic lipase-related protein 2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子

A: Pancreatic lipase-related protein 2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子

A: Pancreatic lipase-related protein 2
B: Pancreatic lipase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,83648
ポリマ－401,4418
非ポリマー3,39540
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_457y-1/2,x+1/2,-z+5/21
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_557-y+1/2,-x+1/2,-z+5/21
Buried area22220 Å2
ΔGint-648.6 kcal/mol
Surface area134290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.181, 216.181, 123.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPROAA1 - 2353 - 237
21VALVALPROPROBB1 - 2353 - 237
12ILEILEALAALAAA255 - 320257 - 322
22ILEILEALAALABB255 - 320257 - 322

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Pancreatic lipase-related protein 2


分子量: 50180.184 Da / 分子数: 2 / 変異: N336Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNLIPRP2, PLRP2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1168 / 参照: UniProt: P54317, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6 microliter of protein (14.5 mg/ml in 0.2 M NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 8.0) and 2 microliter of 2.05 M Ammonium sulphate, 0.1 M Hepes, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 27791 / Num. obs: 27791 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4339 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1GPL

1gpl


解像度: 3→34.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 31.566 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24948 1477 5 %RANDOM
Rwork0.18966 ---
obs0.1926 27791 99.22 %-
all-27791 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å20 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3----4.86 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6868 0 42 67 6977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9539586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.883.00411722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4975873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0524.732336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.065151154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.711530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.25155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.23423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1560.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4961.54503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.51794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85427010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07132985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.764.52576
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11374medium positional0.160.5
2384medium positional0.190.5
11730loose positional0.535
2496loose positional0.45
11374medium thermal0.472
2384medium thermal0.362
11730loose thermal1.0610
2496loose thermal0.7210
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 118 -
Rwork0.287 1993 -
obs--99.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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