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- PDB-2pvd: Crystal srtucture of the reduced ferredoxin:thioredoxin reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvd
タイトルCrystal srtucture of the reduced ferredoxin:thioredoxin reductase
要素
  • Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
  • Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
キーワードELECTRON TRANSPORT / Thioredoxin / redox / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin:thioredoxin reductase / ferredoxin-thioredoxin reductase activity / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 ...Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic subunit, cyanobacteria-type / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dai, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of ferredoxin-thioredoxin reductase.
著者: Dai, S. / Friemann, R. / Glauser, D.A. / Bourquin, F. / Manieri, W. / Schurmann, P. / Eklund, H.
履歴
登録2007年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7554
ポリマ－20,3072
非ポリマー4482
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.177, 45.177, 172.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain


分子量: 12110.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ftrC / プラスミド: pET-3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q55389
#2: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / FTR-V / Ferredoxin- thioredoxin reductase subunit A


分子量: 8196.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ftrV / プラスミド: pET-3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q55781
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 14792 / % possible obs: 90.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.6 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.880.7698011.29795.8
1.88-1.920.667171.72696.8
1.92-1.950.5587632.06295.9
1.95-1.990.47661.50196.5
1.99-2.040.3277481.57196.1
2.04-2.080.3257292.1792.5
2.08-2.140.2147771.83495.6
2.14-2.190.1587501.97194
2.19-2.260.1677082.31790.2
2.26-2.330.1217602.08295.7
2.33-2.410.0937362.16692.1
2.41-2.510.087372.08190.8
2.51-2.630.0717492.31994.1
2.63-2.760.0687521.20693.5
2.76-2.940.0557710.96395
2.94-3.160.057970.94996
3.16-3.480.0478030.80195.9
3.48-3.990.0457590.7291.1
3.99-5.020.0426520.94775
5.02-500.0485171.07953.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 669 4.8 %THROUGHOUT, RANDOM 5.1%
Rwork0.268 ---
obs-13061 94.1 %-
溶媒の処理Bsol: 69.737 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 47.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.857 Å20 Å20 Å2
2---2.857 Å20 Å2
3---5.714 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 13 77 1509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.722.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 123 -
Rwork0.344 --
obs-2065 97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2fs4.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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