+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pug | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE LACI FAMILY MEMBER, PURR, BOUND TO DNA: MINOR GROOVE BINDING BY ALPHA HELICES | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN / EXTENDED COREPRESSOR SPECIFICITY / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, F. / Schumacher, M.A. / Arvidson, D.N. / Haldimann, A. / Wanner, B.L. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure-based redesign of corepressor specificity of the Escherichia coli purine repressor by substitution of residue 190. 著者: Lu, F. / Schumacher, M.A. / Arvidson, D.N. / Haldimann, A. / Wanner, B.L. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of LacI Member, PurR, Bound to DNA: Minor Groove Binding by Alpha Helices 著者: Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pug.cif.gz | 91.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2pug.ent.gz | 66.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pug | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE COMPLEX LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, AND ONLY ONE MONOMER-DNA HALF-SITE CONSTITUTES THE ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES COMPRISE ONE REPRESSOR MONOMER AND ONE DNA STRAND FOR THE ENTIRE SITE. THE FULL COMPLEX CAN BE CONSTRUCTED BY GENERATING THE SECOND HALF USING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATION (X, -Y, -Z). |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 38062.531 Da / 分子数: 1 / Mutation: R190Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PURR / プラスミド: PDNA100 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0ACP7 |
#3: 化合物 | ChemComp-HPA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE HYDROGEN BONDS FROM ARG 190 DETERMINE SPECIFICITY FOR THE O6 EXOCYCLIC ATOM OF THE NATURAL ...THE HYDROGEN BONDS FROM ARG 190 DETERMINE SPECIFICIT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Schumacher, M.A., (1994) J.Mol.Biol, 242, 302. / pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 18672 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 68392 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.7→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.51 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 1.51 / Rfactor Rwork: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|