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- PDB-1vpw: STRUCTURE OF THE PURR MUTANT, L54M, BOUND TO HYPOXANTHINE AND PUR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpw
タイトルSTRUCTURE OF THE PURR MUTANT, L54M, BOUND TO HYPOXANTHINE AND PURF OPERATOR DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
  • PURINE REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN / MINOR GROOVE BENDING / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor PurR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Arvidson, D.N. / Lu, F. / Faber, C. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The structure of PurR mutant L54M shows an alternative route to DNA kinking.
著者: Arvidson, D.N. / Lu, F. / Faber, C. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
履歴
登録1998年2月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PURINE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4483
ポリマ－43,3122
非ポリマー1361
水90150
1
B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PURINE REPRESSOR
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3')
A: PURINE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8966
ポリマ－86,6244
非ポリマー2722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.890, 94.930, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細THE COMPLEX LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, AND ONLY ONE MONOMER-DNA HALF-SITE CONSTITUTES THE ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES COMPRISE ONE REPRESSOR MONOMER AND ONE DNA STRAND FOR THE ENTIRE SITE. THE FULL COMPLEX CAN BE CONSTRUCTED BY GENERATING THE SECOND HALF USING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATION (X, -Y, -Z).

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T )-3') / PURF OPERATOR


分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 PURINE REPRESSOR


分子量: 38109.633 Da / 分子数: 1 / Mutation: L54M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACP7
#3: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LEUCINE 54 LEVERS INTERDIGITATE FROM THE MINOR GROOVE SIDE BETWEEN THE CENTRAL C.G:G.C BASE ...THE LEUCINE 54 LEVERS INTERDIGITATE FROM THE MINOR GROOVE SIDE BETWEEN THE CENTRAL C.G:G.C BASE PAIR STEP OF PURF OPERATOR DNA. THE OPERATOR DNA IS THUS KINKED BY 50 DEGREES. SUBSTITUTING LEU 54 WITH MET YIELDS A MUTANT PURR THAT BINDS AND BENDS DNA SIMILARLY TO WILD TYPE. HOWEVER, THE ROUTES OF THE SIDE CHAINS AND THEIR CONTACTS TO THE C-G:G-C BASE PAIR STEP DIFFER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Schumacher, M.A., (1994) J.Mol.Biol, 242, 302.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 mMprotein1drop
21.0 mMdithiothreitol1drop
3160 mMsodium potassium phosphate1drop
40.6 mMDNA1drop
550 mMsodium cacodylate1drop
625 %PEG40001drop
70.4 Mammonium sulfate1drop
850 mMcobalt hexammine1drop
90.1 Mammonium phosphate1drop
1025 %PEG40001reservoir
110.4 Mammonium sulfate1reservoir
1250 mMcobalt hexammine1reservoir
130.1 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 18486 / % possible obs: 98 % / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / % possible all: 79
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 71433 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 79 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→10 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 1.3 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs-18486 98 %
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 345 10 50 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01331032.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2842524
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.9317570
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.017673
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.014145
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.82727062.5
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.06531215
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / % reflection obs: 79 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 1.3 / Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.930
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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