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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ptu | ||||||
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タイトル | Structure of NK cell receptor 2B4 (CD244) | ||||||
![]() | Natural killer cell receptor 2B4 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / 2B4 / CD244 / NK cell receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() myeloid dendritic cell activation / natural killer cell activation involved in immune response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein binding / adaptive immune response / external side of plasma membrane / innate immune response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deng, L. / Velikovsky, C.A. / Mariuzza, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of natural killer receptor 2B4 bound to CD48 reveals basis for heterophilic recognition in signaling lymphocyte activation molecule family. 著者: Velikovsky, C.A. / Deng, L. / Chlewicki, L.K. / Fernandez, M.M. / Kumar, V. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is one of the monomers in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12526.927 Da / 分子数: 4 / 断片: Ig-like 1, D1, CD48-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 57316 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 50.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4034 / % possible all: 60 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PTT 解像度: 2.38→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.767 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.381→2.443 Å / Total num. of bins used: 20
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