PDB-2psh: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2psh

タイトル

Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla Reniformis

要素

Renilla-luciferin 2-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha/beta-hydrolase / luciferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Renilla reniformis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla reniformis.
著者: Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.

履歴

登録	2007年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2psh.cif.gz	139.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2psh.ent.gz	110 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2psh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2psdC 2pseC 2psfC 2psjC 2rh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2psj-1 3p6z-1 3lu9-2 2pgb-d 2pse-d 1ucy-3 2psd-d 1bbr-2 4b9a-d 3shc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Renilla-luciferin 2-monooxygenase

B: Renilla-luciferin 2-monooxygenase

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Renilla-luciferin 2-monooxygenase

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Renilla-luciferin 2-monooxygenase

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.776, 75.652, 89.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 76.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 310 / Label seq-ID: 3 - 310

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase 分子量: 37015.230 Da / 分子数: 2 変異: T2A, K25A, A55T, C124A, S130A, K136R, A143M, M185V, M253L, E277A, S287L 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 遺伝子: rluc / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase

分子量: 37015.230 Da / 分子数: 2
変異: T2A, K25A, A55T, C124A, S130A, K136R, A143M, M185V, M253L, E277A, S287L
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Renilla reniformis (無脊椎動物) / 遺伝子: rluc / プラスミド: pBAD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1~M HEPES, 10% v/v isopropanol with 6mg/ml benzyl-coelenterazine, 15% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.79→100 Å / Num. obs: 58344 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→86.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.928 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22941	3119	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19523	-	-	-
obs	0.19698	58344	97.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.086 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→86.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4860	0	0	476	5336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.952	6755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.878	3	8473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.642	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.843	23.824	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.897	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.169	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.776	1.5	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.122	1.5	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.858	2	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.395	3	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.994	4.5	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4149 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.42 Å

タイプ	Weight position
medium positional	0.5
medium thermal	2

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.837 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	201	-
R_work	0.298	3552	-
obs	-	-	80.69 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)