PDB-2psd: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2psd

タイトル

Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla Reniformis

要素

Renilla-luciferin 2-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha/beta-hydrolase / luciferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Renilla reniformis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the Luciferase and Green Fluorescent Protein from Renilla reniformis.
著者: Loening, A.M. / Fenn, T.D. / Gambhir, S.S.

履歴

登録	2007年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2psd.cif.gz	84 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2psd.ent.gz	62.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2psd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2psd_validation.pdf.gz	409.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2psd_full_validation.pdf.gz	409.6 KB	表示
XML形式データ	2psd_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	2psd_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pseC 2psfC 2pshC 2psjC 2rh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p6z-1 2psh-1 5d9c-d 5hdp-7 2pse-d 2pgb-d 3lu9-2 3shc-d 6otm-d 5gx4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Renilla-luciferin 2-monooxygenase

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.468, 119.468, 47.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase 分子量: 37000.172 Da / 分子数: 1 変異: A55T, C124A, S130A, K136R, A143M, M185V, M253L, S287L 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 遺伝子: rluc / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.3M NaCl, 1.25M diammonium phosphate, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 73121 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.178 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18341	3868	5 %	RANDOM
R_work	0.16539	-	-	-
obs	0.16631	73121	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2502	0	10	384	2896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.956	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.799	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.99	24	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.574	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.615	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.058	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.283	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.802	1.5	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.167	1.5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.891	2	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.746	3	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.468	4.5	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	280	-
R_work	0.382	5261	-
obs	-	-	97.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9198	0.1018	0.5379	1.4297	0.0846	1.9263	0.1043	0.0341	-0.0368	0.1166	-0.0218	-0.0746	0.1103	0.1128	-0.0825	-0.1423	-0.0055	-0.017	-0.1421	0.0385	-0.1361	82.3974	0.7371	-0.3043
2	1.1553	0.1091	0.6885	0.7535	0.2047	3.5203	0.1027	-0.168	0.0052	0.1866	-0.0607	0.2024	0.0561	-0.6419	-0.042	-0.0975	-0.0123	0.0411	-0.0011	0.0393	-0.0821	65.8187	5.4965	6.0514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 150	3 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	226 - 308	225 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	151 - 225	150 - 224

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関連情報:EMDBヘッダ

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