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- PDB-2pqd: A100G CP4 EPSPS liganded with (R)-difluoromethyl tetrahedral reac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqd
タイトルA100G CP4 EPSPS liganded with (R)-difluoromethyl tetrahedral reaction intermediate analog
要素3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / inside-out alpha/beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / response to herbicide / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) ...EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GG9 / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Healy-Fried, M.L. / Funke, T. / Han, H. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Differential inhibition of class I and class II 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthases by tetrahedral reaction intermediate analogues.
著者: Funke, T. / Healy-Fried, M.L. / Han, H. / Alberg, D.G. / Bartlett, P.A. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2007年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1092
ポリマ－46,6511
非ポリマー4581
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.774, 44.860, 77.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5- enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS


分子量: 46651.242 Da / 分子数: 1 / 変異: A100G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrobacterium sp. (バクテリア) / 遺伝子: aroA / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9R4E4, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GG9 / (3R,4S,5R)-5-[(1R)-1-CARBOXY-2,2-DIFLUORO-1-(PHOSPHONOOXY)ETHOXY]-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID


分子量: 458.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14F2O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: (NH4)2SO4, KCL, PEG400, HEPES-NA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→15 Å / Num. all: 39870 / Num. obs: 39870 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3885 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GGD

2ggd


解像度: 1.77→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1175 2.9 %Random
Rwork0.156 ---
all0.185 38850 --
obs0.185 38850 98.2 %-
溶媒の処理Bsol: 43.758 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 18.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.875 Å20 Å2-3.49 Å2
2--0.092 Å20 Å2
3---0.783 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 28 447 3734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.592
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2sfp.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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