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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pq9 | ||||||
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タイトル | E. coli EPSPS liganded with (R)-difluoromethyl tetrahedral reaction intermediate analog | ||||||
要素 | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / inside-out alpha/beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Healy-Fried, M.L. / Funke, T. / Han, H. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Differential inhibition of class I and class II 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthases by tetrahedral reaction intermediate analogues. 著者: Funke, T. / Healy-Fried, M.L. / Han, H. / Alberg, D.G. / Bartlett, P.A. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pq9.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pq9.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pq9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46141.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aroA / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: P0A6D3, 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GG9 / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Na-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 55458 / Num. obs: 55458 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / Num. unique all: 8807 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1G6S 解像度: 1.6→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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