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万見
- PDB-2pnv: Crystal Structure of the leucine zipper domain of small-conductan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnv
タイトルCrystal Structure of the leucine zipper domain of small-conductance Ca2+-activated K+ (SKCa) channel from Rattus norvegicus
要素Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / leucine zipper / SKCa channel / Rattus norvegicus
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of potassium ion transport / inward rectifier potassium channel activity / regulation of potassium ion transmembrane transport / alpha-actinin binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / smooth endoplasmic reticulum ...Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of potassium ion transport / inward rectifier potassium channel activity / regulation of potassium ion transmembrane transport / alpha-actinin binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / smooth endoplasmic reticulum / potassium ion transmembrane transport / T-tubule / modulation of chemical synaptic transmission / potassium ion transport / sarcolemma / Z disc / postsynaptic membrane / dendritic spine / calmodulin binding / protein domain specific binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calmodulin-binding domain / Potassium channel, calcium-activated, SK / SK, calmodulin-binding domain superfamily / Calmodulin binding domain / Calcium-activated SK potassium channel / Calmodulin binding domain / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, J.Y. / Kim, M.K. / Kang, G.B. / Park, C.S. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the leucine zipper domain of small-conductance Ca2+-activated K+ (SK(Ca)) channel from Rattus norvegicus.
著者: Kim, J.Y. / Kim, M.K. / Kang, G.B. / Park, C.S. / Eom, S.H.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9092
ポリマ－9,9092
非ポリマー00
水724
1
A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
2
B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
3
A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

A: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

B: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7286
ポリマ－29,7286
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation4_444-x-1,-y-1,z-1/21
crystal symmetry operation5_544y,-x+y-1,z-1/21
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/21
Buried area8900 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.200, 29.200, 192.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2 / SK2 / small-conductance Ca2+-activated K+ (SKCa) channel


分子量: 4954.655 Da / 分子数: 2 / 断片: leucine zipper domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnn2 / プラスミド: modified pGEX vector / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P70604
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.257 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 20-22% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.35
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 5216 / Num. obs: 5204 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 68.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 232 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C94

1c94


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-H-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.35. THE R-FACTOR IS 0.210 AND THE R-FREE IS 0.278 WHEN THIS TWINNING OPERATOR IS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 231 -RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.215 5216 --
obs0.215 5204 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.748 Å2-5.371 Å20 Å2
2---9.748 Å20 Å2
3---19.496 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数634 0 0 4 638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.046
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 52 -
Rwork0.355 --
obs-766 95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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