PDB-4p67: CRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from Influenza Hemagglut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p67

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from Influenza Hemagglutinin HA2 without Heptad Repeat Stutter, spacegroup P3(1)

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / Marburg Virus / GP2 Ectodomain / Post-Fusion Conformation

機能・相同性

Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / Truncated hemagglutinin

機能・相同性情報

生物種

unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Lai, J.R. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from InfluenzaHemagglutinin HA2 without Heptad Repeat Stutter, spacegroup P3(1)
著者: Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Lai, J.R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2014年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / pdbx_database_status ...citation / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p67.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p67.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1htmS 4oxm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oxm-d 6qt1-1 6qt3-1 5ndi-1 5vcf-d 6u7z-d 6qt6-1 6u8f-d 1lvf-1 4i0x-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (2)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

27.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.436, 58.436, 66.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質・ペプチド	Hemagglutinin 分子量: 4608.172 Da / 分子数: 6 / 変異: TNEK deletion / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis 由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: A8TXX2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Li-sulfate, 0.1M sodium-cacodylate:HCl, pH 6.5, 30% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.53
1	1	K, H, -L	2	0.47

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 20121 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.137 / Net I/av σ(I): 22.067 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 142097

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	6.8	0.654	1043	1.182	100
1.93-1.97	7.4	0.512	968	1.221	100
1.97-2.01	7.7	0.423	1039	1.18	100
2.01-2.05	7.7	0.321	992	1.204	100
2.05-2.09	7.7	0.261	1033	1.154	100
2.09-2.14	7.7	0.225	972	1.212	100
2.14-2.19	7.7	0.187	1015	1.163	100
2.19-2.25	7.6	0.16	1047	1.207	100
2.25-2.32	7.6	0.145	1012	1.212	100
2.32-2.39	7.6	0.123	993	1.12	100
2.39-2.48	7.5	0.117	1036	1.196	100
2.48-2.58	7.4	0.099	977	1.103	100
2.58-2.7	7.4	0.093	1029	1.068	100
2.7-2.84	7.2	0.083	980	0.999	100
2.84-3.02	7	0.072	1031	0.911	100
3.02-3.25	6.6	0.067	1026	1.132	100
3.25-3.58	6	0.062	1007	1.215	100
3.58-4.09	5.5	0.056	1016	1.133	99.9
4.09-5.16	5.5	0.055	983	1.032	99.2
5.16-50	5.4	0.057	922	0.983	90.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.9 Å	29.22 Å
Translation	1.9 Å	29.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HTM

1htm

解像度: 1.9→29.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.884 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	903	4.5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.186	20053	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-19.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	38.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→29.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1916	0	0	110	2026
B_iso mean	-	-	-	45.75	-
残基数	-	-	-	-	228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.949	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.575	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.041	25.583	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.942	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.165	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.921	4.983	906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.917	4.976	905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.392	66.896	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	82	-
R_work	0.231	1417	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4444	1.9025	-0.1854	3.252	-0.108	0.1336	0.0089	0.0191	-0.1364	0.2141	-0.0121	-0.1075	-0.0152	0.0624	0.0031	0.1573	-0.0545	-0.0095	0.0828	-0.0128	0.0506	30.6737	50.1927	-8.6575
2	0.997	2.3288	-0.7103	6.6817	-1.136	0.8418	0.1291	-0.1429	-0.0322	0.2306	-0.1227	-0.0627	-0.0722	0.1474	-0.0064	0.1069	-0.0245	-0.0044	0.0811	0.0255	0.0154	30.0743	53.4754	-0.1692
3	3.3506	3.5375	-1.9359	4.0436	-2.0369	1.5754	0.0631	0.1816	0.0652	0.3082	0.1228	0.053	-0.1382	-0.1379	-0.1859	0.2113	-0.0197	0.0228	0.1028	0.0203	0.0472	23.6298	56.4915	-5.329
4	1.2954	2.1346	-0.112	3.9548	0.0599	0.2838	-0.1111	0.1166	0.0367	-0.1251	0.1226	0.1103	-0.0597	-0.0153	-0.0115	0.1085	-0.0524	0.0027	0.0767	0.0197	0.0463	-0.9848	68.6112	8.9962
5	3.062	3.3739	0.2154	4.5108	1.0382	0.8629	-0.1229	0.0652	0.0192	-0.3838	0.096	0.0586	-0.1948	0.0065	0.027	0.1785	-0.037	-0.0363	0.1029	-0.0043	0.0095	2.289	69.7145	0.305
6	0.0335	-0.1933	-0.1024	2.7805	1.2911	0.9311	-0.0314	0.0438	0.0037	0.0643	0.1162	-0.0441	0.0507	0.1403	-0.0848	0.1364	-0.0291	-0.0069	0.1914	-0.0239	0.0126	7.9573	65.6056	5.7193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	43 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	42 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	41 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	43 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	42 - 83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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