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- PDB-2plx: Trypsin complexed to a synthetic peptide from Veronica hederifolia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2plx
タイトルTrypsin complexed to a synthetic peptide from Veronica hederifolia
要素
  • Cationic trypsin
  • Peptide Inhibitor
キーワードHYDROLASE / Helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / : / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Serine protease 1 / Trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Conners, R. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: An Unusual Helix-Turn-Helix Protease Inhibitory Motif in a Novel Trypsin Inhibitor from Seeds of Veronica (Veronica hederifolia L.)
著者: Conners, R. / Konarev, A.V. / Forsyth, J. / Lovegrove, A. / Marsh, J. / Joseph-Horne, T. / Shewry, P. / Brady, R.L.
履歴
登録2007年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8556
ポリマ－26,4422
非ポリマー4134
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.558, 41.521, 51.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a heterodimer of chain A and chain B and is identical to the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cationic trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド Peptide Inhibitor


分子量: 3117.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemicall synthesized. Occurs naturally in Veronica hederifolia.
参照: UniProt: P85981*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 322分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.3-1.5M Na Citrate, 0.1M Na Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→56.8 Å / Num. all: 28405 / Num. obs: 28405 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Num. unique all: 397 / Χ2: 0.886 / % possible all: 11.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.52 Å
Translation2.5 Å33.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SFI

1sfi


解像度: 1.56→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.147 / SU B: 3.077 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1442 5.1 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.145 28405 --
obs0.145 28371 80.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 26 318 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.9592720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7335278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3325.61673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63615334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.485155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9111.51311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32522082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.163774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8454.5625
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree: 0.011 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.56-1.601100.63619626017.92
1.601-1.645370.39683247929.044
1.645-1.692590.2651108240748.484
1.692-1.744810.1711464238164.889
1.744-1.8021080.1611758230181.095
1.802-1.865920.1621997220294.868
1.865-1.9351020.152027216798.246
1.935-2.014940.1411949207698.41
2.014-2.103950.1361863198198.839
2.103-2.206850.1351821192099.271
2.206-2.3251020.1311715182999.344
2.325-2.466960.1351608171599.359
2.466-2.636790.1351565164899.757
2.636-2.846820.14414241506100
2.846-3.117710.1331338141099.929
3.117-3.484710.11812241295100
3.484-4.02630.1091066113099.912
4.02-4.918450.10693397999.898
4.918-6.929470.173745792100
6.929-56.796230.24844547897.908
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01570.04980.09150.64710.06170.64010.0068-0.04870.020.098-0.0062-0.04330.0743-0.076-0.0006-0.05310.0020.0066-0.0560.0026-0.107920.107914.56523.8084
24.7461-2.3028-0.58284.0735-0.00052.25310.0550.08920.2026-0.0327-0.073-0.2026-0.18620.17130.018-0.036-0.0136-0.0088-0.08690.0066-0.140626.830521.70915.9913
33.9377-0.0382.09740.1845-0.54062.5875-0.04570.08240.23070.1414-0.06630.0062-0.32820.10760.112-0.0401-0.0211-0.0013-0.08340.0098-0.104926.122424.242910.6499
40.04080.3143-0.09443.8682.90359.3403-0.1603-0.18540.1103-0.14570.07670.14-0.16190.05520.0836-0.05870.0014-0.0203-0.0902-0.0073-0.092424.929323.588327.5233
50.2860.49940.61380.8961.738819.8360.13210.01880.0431-0.05960.0729-0.0156-0.12560.4292-0.2049-0.0680.0255-0.0108-0.05090.0021-0.06531.995823.578119.6722
67.13160.50882.22381.082-0.32261.9757-0.10380.24110.2182-0.14390.0309-0.0177-0.12140.00410.0729-0.0420.00510.0175-0.0810.0023-0.115221.739420.76651.4433
77.63122.925-12.68443.0851-8.60828.2291-0.1271-0.3641-0.0056-0.1658-0.317-0.39870.9760.91190.44410.0034-0.0079-0.0341-0.0329-0.0235-0.078236.515718.391420.5335
83.40071.9126-0.06171.87720.75670.7825-0.07410.0223-0.1831-0.03340.1072-0.0380.01730.032-0.0332-0.04130.0228-0.0089-0.08290.021-0.101824.31775.022111.6684
94.70246.32054.981822.842214.90429.9739-0.0060.0968-0.19940.38640.01540.33990.3290.0697-0.0095-0.06940.00390.0128-0.0862-0.0086-0.105715.10387.61917.5637
1020.0317-2.432-7.84727.24470.35168.52590.5320.7690.13130.1404-0.25480.3566-0.424-0.9057-0.27730.00030.05010.0015-0.05630.0018-0.143310.482121.67422.5134
1115.0716-9.18368.13778.9143-5.865112.3167-0.2825-0.25560.41910.24030.03360.2559-0.941-0.82230.24890.02810.05580.0077-0.0016-0.0391-0.072111.775123.86924.8413
124.6567.26018.850912.127812.300519.61540.1377-0.2134-0.26890.3293-0.11010.02690.2172-0.1981-0.0276-0.08720.02450.0108-0.0922-0.0029-0.087812.21828.778319.304
131.5954-4.06332.332916.472-4.65833.68030.22570.3956-0.3057-0.50570.0310.16440.4263-0.0321-0.2567-0.01550.0059-0.0045-0.0055-0.0197-0.08584.82057.98323.4885
142.51930.67810.84981.2812-1.59543.3153-0.09410.15010.0242-0.13460.07490.0822-0.0529-0.09940.0192-0.0546-0.00010.002-0.0533-0.0032-0.108910.324611.95132.3006
159.04093.43113.38435.74564.98034.341-0.1142-0.4047-0.1357-0.00840.00720.5225-0.01820.25430.107-0.0377-0.02160.0271-0.03880.0497-0.07091.94639.073616.7829
162.3884-0.0862-0.07360.3351-0.6541.30120.047-0.0333-0.1126-0.083-0.0460.06720.074-0.0159-0.001-0.080.0009-0.0068-0.09750.0046-0.115316.088713.892915.3535
174.0752-2.50622.36324.1124-0.86871.9414-0.06890.01030.058-0.02050.0568-0.03640.14590.01990.0121-0.06490.00720.0129-0.11620.0043-0.144816.071513.32999.4952
187.48576.45880.811512.17674.38139.14960.15830.02820.00490.2567-0.3140.16620.2108-0.36670.1557-0.11610.02110.005-0.09020.0084-0.07050.4416.011813.4057
197.9004-1.3812-3.03211.36630.93291.41570.14650.2002-0.2526-0.1388-0.13790.03430.016-0.1153-0.0087-0.05240.0053-0.0058-0.08620.007-0.13217.157811.21325.2455
2023.27225.80170.48865.8873-1.19172.4476-0.05590.17130.152-0.02880.1285-0.0563-0.04750.3626-0.0726-0.04210.01540.0203-0.05780.0056-0.108534.085914.53022.4154
2115.3495-4.22910.31589.0627-7.447718.7735-0.2070.6367-0.2309-0.73260.1180.29150.5714-0.59770.089-0.052-0.0084-0.0032-0.0516-0.0036-0.06296.381427.46792.3178
220.8554-0.03090.49491.5151-1.1361.1120.0073-0.06210.03350.1716-0.02580.1286-0.0979-0.09210.0185-0.0486-0.00060.0245-0.0936-0.014-0.092511.77726.90111.376
232.7597-0.3654-1.34957.4985-6.94577.51190.1503-0.02940.36070.1818-0.0632-0.1127-0.1412-0.0072-0.087-0.0299-0.0090.0209-0.1229-0.0192-0.081413.597834.5688.1734
2416.67694.73483.573421.220212.407916.9938-0.15390.86610.835-1.4950.77750.5736-1.13130.0884-0.62370.0833-0.05520.0092-0.0040.067-0.021910.693437.1178-0.4354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3A51 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4A66 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5A77 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6A90 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7A108 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8A118 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9A134 - 140
10X-RAY DIFFRACTION10A141 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11A147 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12A156 - 162
13X-RAY DIFFRACTION13A163 - 172
14X-RAY DIFFRACTION14A173 - 184
15X-RAY DIFFRACTION15A185 - 188
16X-RAY DIFFRACTION16A189 - 203
17X-RAY DIFFRACTION17A209 - 217
18X-RAY DIFFRACTION18A219 - 223
19X-RAY DIFFRACTION19A224 - 236
20X-RAY DIFFRACTION20A237 - 245
21X-RAY DIFFRACTION21B6 - 11
22X-RAY DIFFRACTION22B12 - 19
23X-RAY DIFFRACTION23B20 - 26
24X-RAY DIFFRACTION24B27 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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