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- PDB-2plv: STRUCTURAL FACTORS THAT CONTROL CONFORMATIONAL TRANSITIONS AND SE... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2plv
タイトルSTRUCTURAL FACTORS THAT CONTROL CONFORMATIONAL TRANSITIONS AND SEROTYPE SPECIFICITY IN TYPE 3 POLIOVIRUS
要素(HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT ...) x 4
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1989
タイトル: Structural factors that control conformational transitions and serotype specificity in type 3 poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Molecular Aspects of Picornavirus Infection and Detection
年: 1989
タイトル: Structural Basis for Serotypic Differences and Thermostability in Poliovirus
著者: Hogle, J.M. / Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Minor, P.D.
#2: ジャーナル: Concepts in Viral Pathogenesis III / 年: 1989
タイトル: Structural Determinants of Serotype Specificity and Host Range in Poliovirus
著者: Hogle, J.M. / Syed, R. / Yeates, T.O. / Jacobson, D. / Critchlow, T. / Filman, D.J.
#3: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus Serotype 1 Neutralizing Determinants
著者: Page, G.S. / Mosser, A.G. / Hogle, J.M. / Filman, D.J. / Rueckert, R.R. / Chow, M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Structural Domains of the Poliovirus Polyprotein are Major Determinants for Proteolytic Cleavage at Gln-Gly Pairs
著者: Ypma-Wong, M.F. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. / Semler, B.L.
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1988
タイトル: Engineering a Poliovirus Type 2 Antigenic Site on a Type 1 Capsid Results in a Chimaeric Virus which is Neurovirulent for Mice
著者: Martin, A. / Wychowski, C. / Couderc, T. / Crainic, R. / Hogle, J. / Girard, M.
#6: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1987
タイトル: The Structure of Poliovirus
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Myristylation of Picornavirus Capsid Protein Vp4 and its Structural Significance
著者: Chow, M. / Newman, J.F.E. / Filman, D. / Hogle, J.M. / Rowlands, D.J. / Brown, F.
#8: ジャーナル: Crystallography in Molecular Biology / 年: 1986
タイトル: The Structure of Poliovirus at 2.9 Angstroms Resolution. Crystallographic Methods and Biological Implications
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
#9: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
履歴
登録1989年10月17日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET STRANDS 2, 3, AND 4 ARE COMMON TO SHEETS *1B1* AND *1B2*. THE SECOND STRAND OF SHEET *1B3* IS ...SHEET STRANDS 2, 3, AND 4 ARE COMMON TO SHEETS *1B1* AND *1B2*. THE SECOND STRAND OF SHEET *1B3* IS THE SAME AS THE THIRD STRAND OF SHEETS *1B1* AND *1B2*. STRANDS 1, 2, AND 3 ARE COMMON TO SHEETS *2B1*, *2B2*, AND *2B3*. STRANDS 1 AND 2 ARE COMMON TO SHEETS *2C1*, *2C2*, AND *2C3*. THE LAST FOUR STRANDS ARE COMMON TO SHEETS *3B1* AND *3B2*. SEQUENCE NUMBERING IS UNCERTAIN IN THE THIRD STRAND OF SHEET * 4N*. THE FIFTH AND SIXTH STRANDS OF SHEET * 3C* ARE FROM A THREEFOLD-RELATED PROTOMER. BECAUSE OF LIMITATIONS IMPOSED BY THE PROTEIN DATA BANK FORMAT IT IS NOT POSSIBLE TO PRESENT THIS SHEET ON SHEET RECORDS. INSTEAD THIS SHEET IS SPECIFIED IN THIS REMARK. 3C 7 ILE 3 82 LEU 3 87 0 3C 7 GLY 3 188 VAL 3 199 -1 N GLY 3 188 O LEU 3 87 3C 7 ALA 3 126 ALA 3 135 -1 N ALA 3 135 O TYR 3 189 3C 7 THR 3 152 ILE 3 158 -1 N THR 3 152 O TYR 3 134 3C 7 ASN 2 20 THR 2 25 1 O ASN 2 20 N HIS 3 153 3C 7 LEU 2 14 LEU 2 18 -1 N LEU 2 18 O SER 2 21 3C 7 THR 1 36 SER 1 38 -1 N THR 1 36 O THR 2 17 SHEET * TT* CONSISTS OF FIVE STRANDS. ALL FIVE STRANDS OF SHEET * TT* ARE FROM FIVEFOLD-RELATED PROTOMERS. BECAUSE OF LIMITATIONS IMPOSED BY THE PROTEIN DATA BANK FORMAT IT IS NOT POSSIBLE TO PRESENT THIS SHEET ON SHEET RECORDS. INSTEAD THIS SHEET IS SPECIFIED IN THIS REMARK. TT 5 LEU 3 2 THR 3 7 0 TT 5 LEU 3 2 THR 3 7 1 N LEU 3 2 O PRO 3 3 TT 5 LEU 3 2 THR 3 7 1 N LEU 3 2 O PRO 3 3 TT 5 LEU 3 2 THR 3 7 1 N LEU 3 2 O PRO 3 3 TT 5 LEU 3 2 THR 3 7 1 N LEU 3 2 O PRO 3 3 SHEET * 4M* CONSISTS OF THREE STRANDS. STRAND 3 OF SHEET * 4M* IS FROM A FIVEFOLD-RELATED PROTOMER. BECAUSE OF LIMITATIONS IMPOSED BY THE PROTEIN DATA BANK FORMAT IT IS NOT POSSIBLE TO PRESENT THIS SHEET ON SHEET RECORDS. INSTEAD THIS SHEET IS SPECIFIED IN THIS REMARK. 4M 3 ALA 1 21 SER 1 23 0 4M 3 GLN 4 44 SER 4 47 -1 N SER 4 47 O ALA 1 21 4M 3 ASN 4 15 ASN 4 17 -1 N ASN 4 17 O GLN 4 44

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)
1: SPHINGOSINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9216
ポリマ－97,3934
非ポリマー5282
水8,629479
1
1: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,875,239360
ポリマ－5,843,567240
非ポリマー31,672120
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 490 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,60330
ポリマ－486,96420
非ポリマー2,63910
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 588 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)587,52436
ポリマ－584,35724
非ポリマー3,16712
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.94 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,937,619180
ポリマ－2,921,783120
非ポリマー15,83660
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)322.940, 358.040, 380.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 2 83 IS A CIS PROLINE. / 2: POSSIBLE ANION SITE. / 3: POSSIBLE CATION SITE. / 4: SEE REMARK 6.
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30930465, -0.81642343, 0.48763205), (0.80161055, 0.49971234, 0.32819023), (-0.51161448, 0.28937827, 0.80901699)46.3008, 31.16175, -18.13389
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17generate(-0.49802835, 0.25825249, 0.82781523), (-0.3597815, 0.80704534, -0.46822705), (-0.78899988, -0.53101935, -0.30901699)78.60129, -44.45829, -124.29153
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22generate(0.80826389, 0.51939032, 0.27738728), (-0.48060969, 0.30977009, 0.82040318), (0.34018087, -0.79641188, 0.5)26.338, 77.89751, -47.47514
23generate(0.52443319, -0.32006998, 0.78900523), (-0.32006998, 0.7845838, 0.53102295), (-0.78899988, -0.53101935, 0.30901699)74.91627, 50.42078, -65.60903
24generate(-0.49802835, -0.3597815, 0.78900523), (0.25825249, 0.80704534, 0.53102295), (-0.82780962, 0.46822388, -0.30901699)74.91627, 50.42078, -124.29153
25generate(-0.84611363, 0.45513573, 0.27738728), (0.45513573, 0.34611363, 0.82040318), (0.2773854, 0.82039762, -0.5)26.338, 77.89751, -142.42542
26generate(0.03878063, -0.9984938, -0.03881), (0.00150621, -0.03878063, 0.99925), (-0.99924323, -0.03880974)-3.68502, 94.87907, -94.95028
27generate(-0.76855237, -0.54185186, -0.34018318), (-0.54185186, 0.26855237, 0.79641728), (-0.34018087, 0.79641188, -0.5)-32.30049, 75.62004, -142.42542
28generate(-0.49802835, 0.25825249, -0.82781523), (-0.3597815, 0.80704534, 0.46822705), (0.78899988, 0.53101935, -0.30901699)-78.60129, 44.45829, -124.29153
29generate(0.4764977, 0.29610223, -0.82781523), (0.29610223, 0.8325193, 0.46822705), (0.82780962, -0.46822388, 0.30901699)-78.60129, 44.45829, -65.60903
30generate(0.80826389, -0.48060968, -0.34018318), (0.51939032, 0.3097701, 0.79641728), (-0.2773854, -0.82039762, 0.5)-32.30049, 75.62004, -47.47514

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要素

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HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP1)


分子量: 33376.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#2: タンパク質 HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP2)


分子量: 30075.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP3)


分子量: 26547.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#4: タンパク質 HUMAN POLIOVIRUS TYPE 1 (SUBUNIT VP4)


分子量: 7393.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300

-
非ポリマー , 3種, 481分子 1

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE 1 OF CHAIN 4 IS A MYRISTOYL GROUP (MYR), COVALENTLY LINKED TO THE AMINO TERMINAL GLYCINE OF ...RESIDUE 1 OF CHAIN 4 IS A MYRISTOYL GROUP (MYR), COVALENTLY LINKED TO THE AMINO TERMINAL GLYCINE OF VP4 VIA AN AMIDE BOND (SEE REFERENCE 8 ABOVE).

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMPIPES11
25 mM11MgCl2
31 mM11CaCl2
40.5 M11NaCl

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.88 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 712617 / % possible obs: 72.6 %

-
解析

ソフトウェア名称: REAL-SPACE / バージョン: REFINEMENT / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.88 Å
詳細: RESIDUE 0 IS IDENTIFIED AS A SPHINGOSINE MOLECULE (SPH). THE PROVISIONAL IDENTIFICATION OF ELECTRON DENSITY AS SPHINGOSINE IS NOT BASED ON DIRECT CHEMICAL EVIDENCE (SEE REFERENCE 1 ABOVE).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2 --
obs-712617 72.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6647 0 36 479 7162
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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