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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2plo | ||||||||||||||||||
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タイトル | D-(GTATACC) low temperature (100K) | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / HIGH PRESSURE / LOW TEMPERATURE / COMPRESSIBILITY / CRYSTALS | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Prange, T. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. | ![]() ![]() タイトル: Adaptation of macromolecular crystals to extreme conditions: high pressure versus low temperature 著者: Prange, T. / Girard, E. / Kahn, R. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Mezouar, M. / Fourme, R. #1: ![]() タイトル: Adaptation of base paired double helix architecture to extreme pressure 著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 357.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 357.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pl8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | A form of DNA - double stranded helix |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: automated solid synthesis #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mg dissolved in 0.2 ml of 15 % MPD, 10-2 M sodium cacodylate buffer. Additives : 10-5M sodium azide, 10-2 M MgCl2 and 2.10-2 M spermine chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: Si(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.962 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→10 Å / Num. obs: 9382 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PL8 解像度: 1.4→10 Å / Num. parameters: 1579 / Num. restraintsaints: 1606 / Isotropic thermal model: individual isotropic B factors / 交差検証法: NONE / σ(F): 2 / σ(I): 4
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 182 / Occupancy sum non hydrogen: 393 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
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拘束条件 |
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